Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing targets in transcript 3' UTRs.
Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing targets in transcript 3' UTRs.
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DOI：
10.1038/nsmb.1975
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发表时间：
2011-02
影响因子：
16.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
载脂蛋白B编辑酶，催化多肽-1（APOBEC 1）是一种胞苷脱氨酶，最初通过其在小肠中将载脂蛋白B（apo B）mRNA转录物中的特定胞苷（C）转化为尿苷（U）的活性来鉴定。编辑导致在脂质转运中具有不同功能的截短的apoB同种型的翻译。为了解决APOBEC 1编辑额外mRNA的可能性，我们开发了一种转录组范围的比较RNA-Seq筛选。我们鉴定并验证了32个先前未描述的APOBEC 1编辑的mRNA靶点，所有这些靶点都位于转录本3′非翻译区（3′ UTR）的富含AU的片段中。进一步的分析建立了编辑靶标的几个特征序列特征，这些特征序列特征可预测其他APOBEC 1底物的鉴定。本文介绍的RNA编辑的转录组学方法极大地扩展了APOBEC 1 mRNA编辑靶点的列表，并揭示了转录本3′ UTR修饰的新细胞机制。
Apolipoprotein B-editing enzyme, catalytic polypeptide-1 (APOBEC1) is a cytidine deaminase, initially identified by its activity in converting a specific cytidine (C) to uridine (U) in apolipoprotein B (apoB) mRNA transcripts in the small intestine. Editing results in translation of a truncated apoB isoform with distinct functions in lipid transport. To address the possibility that APOBEC1 edits additional mRNAs, we developed a transcriptome-wide comparative RNA-Seq screen. We identified and validated 32 previously undescribed mRNA targets of APOBEC1 editing, all of which are located in AU-rich segments of transcript 3′ untranslated regions (3′ UTRs). Further analysis established several characteristic sequence features of editing targets, which were predictive for the identification of additional APOBEC1 substrates. The transcriptomics approach to RNA editing presented here dramatically expands the list of APOBEC1 mRNA editing targets and reveals a novel cellular mechanism for the modification of transcript 3′ UTRs.
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