How the Conformations of an Internal Junction Contribute to Fold an RNA Domain.
How the Conformations of an Internal Junction Contribute to Fold an RNA Domain.
复制标题
内部连接的构象如何有助于折叠RNA结构域。
DOI：
10.1021/acs.jpcb.8b07262
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发表时间：
2018-12-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pollack L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen YL;Sutton JL;Pollack L
像蛋白质一样，一些RNA折叠成紧凑的结构。我们可以将功能性RNA建模为一系列短的、刚性的、碱基配对的元件，这些元件由作为连接点的非碱基配对核苷酸连接。这些连接区域弯曲和扭曲，便于形成稳定紧凑状态的第三接触。在这里，我们探讨盐和连接序列的作用，在确定一个无处不在的连接器的结构：一个不对称的内部循环。我们专注于J5/5a连接从广泛研究的P4-P6结构域的四膜虫核酶。在添加镁离子以折叠P4-P6之后，该连接急剧弯曲，将RNA结构域的两个半部分结合在一起以进行三级接触接合。使用单分子荧光共振能量转移（smFRET），我们研究了序列和盐对包含这些连接区域的模型RNA构建体的作用。我们探索野生型J5/5a连接以及两个序列变体。这些连接显示不同的，盐依赖性构象。小角X射线散射（SAXS）测量证实，这些影响持续在全长P4-P6域。这些测量强调了连接序列和与离子的相互作用在促进RNA折叠中的重要性。
Like proteins, some RNAs fold to compact structures. We can model functional RNAs as a series of short, rigid, based-paired elements, connected by non-base-paired nucleotides that serve as junctions. These connecting regions bend and twist, facilitating the formation of tertiary contacts that stabilize compact states. Here, we explore the roles of salt and junction sequence in determining the structures of a ubiquitous connector: an asymmetric internal loop. We focus on the J5/5a junction from the widely studied P4-P6 domain of the Tetrahymena ribozyme. Following the addition of magnesium ions to fold P4-P6, this junction bends dramatically, bringing the two halves of the RNA domain together for tertiary contact engagement. Using single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET), we examine the role of sequence and salt on model RNA constructs that contain these junction regions. We explore the wild-type J5/5a junction as well as two sequence variants. These junctions display distinct, salt dependent conformations. Small angle X-ray scattering (SAXS) measurements verify that these effects persist in the full-length P4-P6 domain. These measurements underscore the importance of junction sequence and interactions with ions in facilitating RNA folding.
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DOI：
10.1038/nsb1004
发表时间：
2003-12-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Lukavsky, PJ;Kim, I;Puglisi, JD
通讯作者：
Puglisi, JD
影响因子：
2.9
作者：
Doherty, EA;Doudna, JA
通讯作者：
Doudna, JA
影响因子：
14.9
作者：
Matsumura, S;Ikawa, Y;Inoue, T
通讯作者：
Inoue, T
影响因子：
14.9
作者：
Geary C;Baudrey S;Jaeger L
通讯作者：
Jaeger L
影响因子：
5.5
作者：
Condon, David E.;Kennedy, Scott D.;Mort, Brendan C.;Kierzek, Ryszard;Yildirim, Ilyas;Turner, Douglas H.
通讯作者：
Turner, Douglas H.