CiBER-seq dissects genetic networks by quantitative CRISPRi profiling of expression phenotypes.
CiBER-seq dissects genetic networks by quantitative CRISPRi profiling of expression phenotypes.
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DOI：
10.1126/science.abb9662
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发表时间：
2020-12-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ingolia NT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Muller R;Meacham ZA;Ferguson L;Ingolia NT
为了实现基于CRISPR/CAS9的遗传学的前景，需要在全基因组范围的遗传扰动文库中量化特定的分子表型。我们通过使用CRISPR干扰条码表达报告测序(CIBER-SEQ)来分析转录、翻译和翻译后的记者，从而解决了这一挑战。我们的条形码方法允许我们使用混合测序将整个指南库与它们各自的表型结果联系起来。CIBER-Seq图谱完全概括了酵母中的整合应激反应(ISR)途径。导致不带电荷的tRNA积累的遗传扰动激活了ISR报告转录。令人惊讶的是，tRNA不足也激活了报告，不依赖于未充电的tRNA传感器。通过揭示ISR激活的替代触发因素，我们说明了精确、全面的CIBER-Seq分析如何为解剖遗传网络提供了一个强大且广泛适用的工具。与CRISPR指南RNA链接的条形码记者提供了高精度的细胞对遗传扰动的反应
To realize the promise of CRISPR/Cas9-based genetics, approaches are needed to quantify a specific, molecular phenotype across genome-wide libraries of genetic perturbations. We addressed this challenge by profiling transcriptional, translational, and post-translational reporters using CRISPR interference with barcoded expression reporter sequencing (CiBER-Seq). Our barcoding approach allowed us to connect an entire library of guides to their individual phenotypic consequences using pooled sequencing. CiBER-Seq profiling fully recapitulated the integrated stress response (ISR) pathway in yeast. Genetic perturbations causing uncharged tRNA accumulation activated ISR reporter transcription. Surprisingly, tRNA insufficiency also activated the reporter, independent of the uncharged tRNA sensor. By uncovering alternate triggers for ISR activation, we illustrated how precise, comprehensive CiBER-Seq profiling provides a powerful and broadly applicable tool for dissecting genetic networks. Barcoded reporters linked to CRISPR guide RNAs provides high-precision profiles of cellular responses to genetic perturbations
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