Multiscale simulation of small peptides: Consistent conformational sampling in atomistic and coarse‐grained models
Multiscale simulation of small peptides: Consistent conformational sampling in atomistic and coarse‐grained models
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小肽的多尺度模拟：原子和粗粒度模型中的一致构象采样
DOI：
10.1002/jcc.22915
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发表时间：
2012
影响因子：
3
通讯作者：
C. Peter
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O. Bezkorovaynaya;A. Lukyanov;K. Kremer;C. Peter
提出了水溶液中多肽的自下而上粗粒化过程，其中确定了粗粒（CG）模型中的相互作用，使CG肽根据高分辨率（原子）模型样品构象。结果表明，构象采样的重要方面，如在二级结构形成中起重要作用的相关自由度（DOF）可以在CG描述中再现。在某些情况下，微观结构/构象细节在粗粒化过程中丢失。我们表明，只要分子的整体构象采样在CG分辨率水平上正确表示，这些“丢失”的属性可以在反向映射过程中恢复，该过程将原子自由度重新引入CG结构中。因此，有可能将现有的生物分子系统的全原子模型与CG描述联系起来，这样在反向映射之后，人们可以用正确采样的（根据原子模型）构象属性以高分辨率恢复结构。©2012 Wiley期刊公司
A bottom–up coarse‐graining procedure for peptides in aqueous solution is presented, where the interactions in the coarse‐grained (CG) model are determined such that the CG peptide samples conformations according to a high‐resolution (atomistic) model. It is shown that important aspects of conformational sampling, such as correlated degrees of freedom (DOF) which play an important role in secondary structure formation, can be reproduced in the CG description. In some cases, microscopic structural/conformational details are lost in the coarse‐graining process. We show that these “lost” properties can be recovered in a backmapping procedure which reintroduces atomistic DOF into CG structures — as long as the overall conformational sampling of the molecule is correctly represented in the CG level of resolution. Thus, it is possible to link an existing all‐atom model of a biomolecular system with a CG description such that after inverse mapping one can recover structures at high resolution with the correctly sampled (according to the atomistic model) conformational properties. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.
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自组装二肽：包括粗粒度模型中的溶剂自由度。
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
Physical Chemistry, Chemical Physics - PCCP
影响因子：
--
作者：
A. Villa;N. V. D. van der Vegt;C. Peter
通讯作者：
C. Peter
影响因子：
5.5
作者：
DeVane, Russell;Shinoda, Wataru;Moore, Preston B.;Klein, Michael L.
通讯作者：
Klein, Michael L.
用于自组装丝状蛋白纤维的简单粗粒模型。
影响因子：
3.4
作者：
M. Schor;B. Ensing;P. Bolhuis
通讯作者：
P. Bolhuis
影响因子：
5.5
作者：
Abrams, CF;Kremer, K
通讯作者：
Kremer, K
影响因子：
2.9
作者：
Maupetit, Julien;Tuffery, P.;Derreumaux, Philippe
通讯作者：
Derreumaux, Philippe