Epigenomic State Transitions Characterize Tumor Progression in Mouse Lung Adenocarcinoma.
Epigenomic State Transitions Characterize Tumor Progression in Mouse Lung Adenocarcinoma.
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DOI：
10.1016/j.ccell.2020.06.006
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发表时间：
2020-08-10
期刊：
影响因子：
50.3
通讯作者：
Jacks T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
LaFave LM;Kartha VK;Ma S;Meli K;Del Priore I;Lareau C;Naranjo S;Westcott PMK;Duarte FM;Sankar V;Chiang Z;Brack A;Law T;Hauck H;Okimoto A;Regev A;Buenrostro JD;Jacks T
维持功能性分化细胞状态的调控网络在肿瘤发展中经常失调。在这里，我们使用单细胞表观基因组学来分析肺腺癌（LUAD）小鼠模型中染色质状态的转变。我们确定了一个表观基因组连续体，代表细胞身份的丧失和向转移状态的进展。我们定义了共同可及的调控程序，并推断了这些细胞状态的关键激活和抑制染色质调控。在这些共同可及性程序中，我们确定了一个转移前过渡，其特征是RUNX转录因子的激活，它介导细胞外基质重塑以促进转移，并预测人类LUAD患者的生存。总之，这些结果证明了单细胞表观基因组学在识别调节程序以揭示肿瘤进展的机制和关键生物标志物方面的力量。
Regulatory networks that maintain functional, differentiated cell states are often dysregulated in tumor development. Here, we use single-cell epigenomics to profile chromatin state transitions in a mouse model of lung adenocarcinoma (LUAD). We identify an epigenomic continuum representing loss of cellular identity and progression towards a metastatic state. We define co-accessible regulatory programs and infer key activating and repressive chromatin regulators of these cell states. Among these co-accessibility programs, we identify a pre-metastatic transition, characterized by activation of RUNX transcription factors, which mediates extracellular matrix remodeling to promote metastasis and is predictive of survival across human LUAD patients. Together, these results demonstrate the power of single-cell epigenomics to identify regulatory programs to uncover mechanisms and key biomarkers of tumor progression.
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影响因子：
4.6
作者：
Bankhead P;Loughrey MB;Fernández JA;Dombrowski Y;McArt DG;Dunne PD;McQuaid S;Gray RT;Murray LJ;Coleman HG;James JA;Salto-Tellez M;Hamilton PW
通讯作者：
Hamilton PW
影响因子：
8
作者：
Cheung WK;Nguyen DX
通讯作者：
Nguyen DX
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--
作者：
Bai, Xiaoxue;Meng, Lin;Hua, Shucheng
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Hua, Shucheng
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作者：
Brady JJ;Chuang CH;Greenside PG;Rogers ZN;Murray CW;Caswell DR;Hartmann U;Connolly AJ;Sweet-Cordero EA;Kundaje A;Winslow MM
通讯作者：
Winslow MM
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
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64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ