MeDBA: the Metalloenzyme Data Bank and Analysis platform.
MeDBA: the Metalloenzyme Data Bank and Analysis platform.
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MeDBA：金属酶数据库和分析平台
DOI：
10.1093/nar/gkac860
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li, Guo-Bo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu, Jun-Lin;Wu, Song;Zhou, Cong;Dai, Qing-Qing;Schofield, Christopher J.;Li, Guo-Bo
金属酶是化学，生物学和医学领域的有吸引力的研究目标，鉴于金属酶可以表现出金属配位和配体结合模式的保护，因此，金属酶特异性的开挖和扩展是在铜元中启用了我们以前的旋律群体。通过形成金属酶特定的知识和服务一种多功能平台，称为MEDBA的金属酶数据库（MEDBA）。作用于上的金属酶底物和生物活性分子金属酶（V）挖掘的金属结合药算术和（VI）用于结构/金属活性位点比较的分析工具和金属酶谱分析。
Abstract Metalloenzymes are attractive research targets in fields of chemistry, biology, and medicine. Given that metalloenzymes can manifest conservation of metal-coordination and ligand binding modes, the excavation and expansion of metalloenzyme-specific knowledge is of interest in bridging metalloenzyme-related fields. Building on our previous metalloenzyme-ligand association database, MeLAD, we have expanded the scope of metalloenzyme-specific knowledge and services, by forming a versatile platform, termed the Metalloenzyme Data Bank and Analysis (MeDBA). The MeDBA provides: (i) manual curation of metalloenzymes into different categories, that this M-I, M-II and M-III; (ii) comprehensive information on metalloenzyme activities, expression profiles, family and disease links; (iii) structural information on metalloenzymes, in particular metal binding modes; (iv) metalloenzyme substrates and bioactive molecules acting on metalloenzymes; (v) excavated metal-binding pharmacophores and (vi) analysis tools for structure/metal active site comparison and metalloenzyme profiling. The MeDBA is freely available at https://medba.ddtmlab.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Blum M;Chang HY;Chuguransky S;Grego T;Kandasaamy S;Mitchell A;Nuka G;Paysan-Lafosse T;Qureshi M;Raj S;Richardson L;Salazar GA;Williams L;Bork P;Bridge A;Gough J;Haft DH;Letunic I;Marchler-Bauer A;Mi H;Natale DA;Necci M;Orengo CA;Pandurangan AP;Rivoire C;Sigrist CJA;Sillitoe I;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SCE;Wu CH;Bateman A;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
8.6
作者：
Bienfait B;Ertl P
通讯作者：
Ertl P
影响因子：
8.6
作者：
Heller SR;McNaught A;Pletnev I;Stein S;Tchekhovskoi D
通讯作者：
Tchekhovskoi D
DOI：
10.1126/science.abo3959
发表时间：
2022-03-18
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kahlson, Martha A;Dixon, Scott J
通讯作者：
Dixon, Scott J
影响因子：
6.7
作者：
Shen, Zihao;Yan, Yu-Hang;Li, Honglin
通讯作者：
Li, Honglin