YM500v3: a database for small RNA sequencing in human cancer research.
YM500v3: a database for small RNA sequencing in human cancer research.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1084
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cheng WC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chung IF;Chang SJ;Chen CY;Liu SH;Li CY;Chan CH;Shih CC;Cheng WC
我们之前介绍了YM 500数据库，其中包含超过8000个小RNA测序（smRNA-seq）数据集和各种癌症miRNome研究的综合分析结果。在本文提供的更新的YM 500 v3数据库（http：//ngs.ym.edu.tw/ym500/）中，我们不仅关注miRNA，而且关注其他功能性小非编码RNA（sncRNA），例如PIWI相互作用RNA（piRNA）、tRNA衍生片段（tRFs）、小核RNA（snRNA）和小核仁RNA（snoRNA）。人们对sncRNA在基因调控和肿瘤发生中的作用有了越来越多的了解。我们还将超过10000个癌症相关的RNA-seq和超过3000个smRNA-seq数据集整合到YM 500 v3数据库中。此外，有两个主要的新部分，“生存”和“癌症”，在这个更新的版本。“生存”部分提供了所有癌症类型或用户定义的特定sncRNA样本组的生存分析结果。“癌症”部分提供了差异表达分析、miRNA-基因相互作用和癌症miRNA相关途径的结果。在“表达”部分，新提供了癌症和样本类型的sncRNA表达谱。癌症相关的sncRNA具有生物技术应用和基础研究的潜力。
We previously presented the YM500 database, which contains >8000 small RNA sequencing (smRNA-seq) data sets and integrated analysis results for various cancer miRNome studies. In the updated YM500v3 database (http://ngs.ym.edu.tw/ym500/) presented herein, we not only focus on miRNAs but also on other functional small non-coding RNAs (sncRNAs), such as PIWI-interacting RNAs (piRNAs), tRNA-derived fragments (tRFs), small nuclear RNAs (snRNAs) and small nucleolar RNAs (snoRNAs). There is growing knowledge of the role of sncRNAs in gene regulation and tumorigenesis. We have also incorporated >10 000 cancer-related RNA-seq and >3000 more smRNA-seq data sets into the YM500v3 database. Furthermore, there are two main new sections, ‘Survival' and ‘Cancer', in this updated version. The ‘Survival’ section provides the survival analysis results in all cancer types or in a user-defined group of samples for a specific sncRNA. The ‘Cancer’ section provides the results of differential expression analyses, miRNA–gene interactions and cancer miRNA-related pathways. In the ‘Expression’ section, sncRNA expression profiles across cancer and sample types are newly provided. Cancer-related sncRNAs hold potential for both biotech applications and basic research.
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