Computational identification of active enhancers in model organisms.
Computational identification of active enhancers in model organisms.
复制标题
模型生物中活性增强子的计算鉴定
DOI：
10.1016/j.gpb.2013.04.002
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发表时间：
2013-06
影响因子：
9.5
通讯作者：
Zhang, Zhihua
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Chengqi;Zhang, Michael Q.;Zhang, Zhihua
作为一类顺式调控元件，增强子在近30年前首次被确定为能够显著提高基因转录的基因组区域。增强子可以以细胞类型特异性和发育阶段特异性的方式调节基因的表达。尽管已经开发了实验技术来在全基因组范围内识别增强子，但调控元件的设计原则以及它们在时空上重新连接转录调控网络的方式还远远不清楚。目前，发展对增强剂的预测方法，特别是对增强剂的细胞类型特定活性的预测方法，是计算生物学的核心。在这篇综述中，我们综述了目前活性增强子预测的计算方法，并讨论了未来的发展方向。
As a class of cis-regulatory elements, enhancers were first identified as the genomic regions that are able to markedly increase the transcription of genes nearly 30 years ago. Enhancers can regulate gene expression in a cell-type specific and developmental stage specific manner. Although experimental technologies have been developed to identify enhancers genome-wide, the design principle of the regulatory elements and the way they rewire the transcriptional regulatory network tempo-spatially are far from clear. At present, developing predictive methods for enhancers, particularly for the cell-type specific activity of enhancers, is central to computational biology. In this review, we survey the current computational approaches for active enhancer prediction and discuss future directions.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
30.8
作者：
He, Housheng Hansen;Meyer, Clifford A.;Shin, Hyunjin;Bailey, Shannon T.;Wei, Gang;Wang, Qianben;Zhang, Yong;Xu, Kexin;Ni, Min;Lupien, Mathieu;Mieczkowski, Piotr;Lieb, Jason D.;Zhao, Keji;Brown, Myles;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley
影响因子：
4.5
作者：
Hare, Emily E.;Peterson, Brant K.;Iyer, Venky N.;Meier, Rudolf;Eisen, Michael B.
通讯作者：
Eisen, Michael B.
DOI：
10.1073/pnas.231608898
发表时间：
2002-01-22
影响因子：
11.1
作者：
Berman, BP;Nibu, Y;Eisen, MB
通讯作者：
Eisen, MB
影响因子：
64.5
作者：
Hallikas, O;Palin, K;Taipale, J
通讯作者：
Taipale, J