The Image Data Resource: A Bioimage Data Integration and Publication Platform.
The Image Data Resource: A Bioimage Data Integration and Publication Platform.
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DOI：
10.1038/nmeth.4326
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发表时间：
2017-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Swedlow JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Williams E;Moore J;Li SW;Rustici G;Tarkowska A;Chessel A;Leo S;Antal B;Ferguson RK;Sarkans U;Brazma A;Salas REC;Swedlow JR
本资源描述了图像数据资源(IDR)，这是一个生物图像数据的原型在线系统，它将多个数据集的实验和分析数据连接起来，并促进图像数据的共享和重新分析。本文的在线版本(doi：10.1038/nmet.4326)包含补充材料，授权用户可以使用。获取主要研究数据对科学进步至关重要。为了扩展社区存储库支持的数据类型，我们构建了一个原型图像数据资源(IDR)。IDR将来自几种成像模式的数据与公共遗传或化学数据库以及使用受控本体表达的细胞和组织表型联系起来，包括高内容筛查、多维显微镜和数字病理学。利用这种整合，IDR促进了对基因网络的分析，并揭示了个体研究无法获得的功能相互作用。为了实现重新分析，我们还建立了一个基于Jupyter笔记本的计算资源，允许远程访问整个IDR。IDR也是一个发布影像数据的开源平台。因此，IDR提供了一个在线资源和一个软件基础设施，以促进和扩大科学图像数据的出版和重新分析。本文的在线版本(doi：10.1038/nmet.4326)包含补充材料，授权用户可以使用。
This Resource describes the Image Data Resource (IDR), a prototype online system for biological image data that links experimental and analytic data across multiple data sets and promotes image data sharing and reanalysis. The online version of this article (doi:10.1038/nmeth.4326) contains supplementary material, which is available to authorized users. Access to primary research data is vital for the advancement of science. To extend the data types supported by community repositories, we built a prototype Image Data Resource (IDR). IDR links data from several imaging modalities, including high-content screening, multi-dimensional microscopy and digital pathology, with public genetic or chemical databases and cell and tissue phenotypes expressed using controlled ontologies. Using this integration, IDR facilitates the analysis of gene networks and reveals functional interactions that are inaccessible to individual studies. To enable reanalysis, we also established a computational resource based on Jupyter notebooks that allows remote access to the entire IDR. IDR is also an open-source platform for publishing imaging data. Thus IDR provides an online resource and a software infrastructure that promotes and extends publication and reanalysis of scientific image data. The online version of this article (doi:10.1038/nmeth.4326) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1083/jcb.201004104
发表时间：
2010-05-31
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Linkert M;Rueden CT;Allan C;Burel JM;Moore W;Patterson A;Loranger B;Moore J;Neves C;Macdonald D;Tarkowska A;Sticco C;Hill E;Rossner M;Eliceiri KW;Swedlow JR
通讯作者：
Swedlow JR
影响因子：
9.9
作者：
Breinig M;Klein FA;Huber W;Boutros M
通讯作者：
Boutros M
影响因子：
3.3
作者：
Hériché JK;Lees JG;Morilla I;Walter T;Petrova B;Roberti MJ;Hossain MJ;Adler P;Fernández JM;Krallinger M;Haering CH;Vilo J;Valencia A;Ranea JA;Orengo C;Ellenberg J
通讯作者：
Ellenberg J
影响因子：
--
作者：
Dickerson D;Gierliński M;Singh V;Kitamura E;Ball G;Tanaka TU;Owen-Hughes T
通讯作者：
Owen-Hughes T
影响因子：
3.5
作者：
Gorgolewski KJ;Varoquaux G;Rivera G;Schwarz Y;Ghosh SS;Maumet C;Sochat VV;Nichols TE;Poldrack RA;Poline JB;Yarkoni T;Margulies DS
通讯作者：
Margulies DS