Polyprotein cleavage mechanism of SARS CoV Mpro and chemical modification of the octapeptide.
Polyprotein cleavage mechanism of SARS CoV Mpro and chemical modification of the octapeptide.
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DOI：
10.1016/j.peptides.2004.06.018
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发表时间：
2004-11
期刊：
影响因子：
3
通讯作者：
Chou KC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Du QS;Wang SQ;Zhu Y;Wei DQ;Guo H;Sirois S;Chou KC
利用分子力学（MM）和量子力学（QM）研究了严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒主要蛋白酶（Mpro或3CLpro）对八肽AVLQSGFR的裂解机制。结构域 I 和 II 之间活性口袋中的催化二元组 His-41 和 Cys-145 似乎使八肽中 Gln 和 Ser 之间肽键的 π 电子密度极化，导致 Gln 的 C(CO) 上的正电荷增加和 Ser 的 N(NH) 上的负电荷增加。基于“扭曲键”理论增强Gln和Ser之间化学键的可能性[Anal.生物化学。 233（1996）1]进行了审查。通过将Gln的羰基CO变为CH2或CF2，发现Gln和Ser之间的可断裂肽键通过“混合肽键”被固化。这导致肽键的π键系统断裂，使八肽（AVLQSGFR）成为“扭曲的钥匙”，并成为抗SARS药物设计的潜在起始系统。
The cleavage mechanism of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main proteinase (Mpro or 3CLpro) for the octapeptide AVLQSGFR is studied using molecular mechanics (MM) and quantum mechanics (QM). The catalytic dyad His-41 and Cys-145 in the active pocket between domain I and II seem to polarize the π-electron density of the peptide bond between Gln and Ser in the octapeptide, leading to an increase of positive charge on C(CO) of Gln and negative charge on N(NH) of Ser. The possibility of enhancing the chemical bond between Gln and Ser based on the “distorted key” theory [Anal. Biochem. 233 (1996) 1] is examined. The scissile peptide bond between Gln and Ser is found to be solidified through “hybrid peptide bond” by changing the carbonyl group CO of Gln to CH2 or CF2. This leads to a break of the π-bond system for the peptide bond, making the octapeptide (AVLQSGFR) a “distorted key” and a potential starting system for the design of anti SARS drugs.
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影响因子：
64.5
作者：
Chou, JJ;Matsuo, H;Wagner, G
通讯作者：
Wagner, G
影响因子：
56.9
作者：
Anand, K;Ziebuhr, J;Hilgenfeld, R
通讯作者：
Hilgenfeld, R
DOI：
10.1007/bf01028191
发表时间：
1993-06-01
期刊：
JOURNAL OF PROTEIN CHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
CHOU, JJ
通讯作者：
CHOU, JJ
影响因子：
5.8
作者：
ALTHAUS, IW;CHOU, JJ;REUSSER, F
通讯作者：
REUSSER, F
DOI：
10.1006/bbrc.2002.6686
发表时间：
2002-04-05
影响因子：
3.1
作者：
Chou, KC;Howe, WJ
通讯作者：
Howe, WJ