Digital MDA for enumeration of total nucleic acid contamination.
Digital MDA for enumeration of total nucleic acid contamination.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1074
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发表时间：
2011-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Quake SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blainey PC;Quake SR
多重置换扩增（MDA）是一种由DNAP驱动的等温、不依赖于序列的高分子量DNA扩增方法。在这里，我们报告数字MDA（dMDA），一个超灵敏的方法定量未知序列的核酸片段。我们使用新的测定来显示我们的定制的DNAP 29制备物在dMDA测定的检测限下是无污染的（1个污染分子/测定微升）。还对市售制剂中的污染进行了研究。dMDA测定的结果提供了强有力的证据，即所谓的“模板非依赖性”MDA背景可归因于高分子量污染物，并且在测试的商业试剂盒中不是引物衍生的。dMDA在微生物基因组DNA片段检测方面比基于PCR的技术灵敏几个数量级，并为使用MDA化学和为数字PCR开发的现成硬件在各种应用领域中超灵敏定量DNA片段开辟了新的可能性。
Multiple displacement amplification (MDA) is an isothermal, sequence-independent method for the amplification of high molecular weight DNA that is driven by ϕ29 DNA polymerase (DNAP). Here we report digital MDA (dMDA), an ultrasensitive method for quantifying nucleic acid fragments of unknown sequence. We use the new assay to show that our custom ϕ29 DNAP preparation is free of contamination at the limit of detection of the dMDA assay (1 contaminating molecule per assay microliter). Contamination in commercially available preparations is also investigated. The results of the dMDA assay provide strong evidence that the so-called ‘template-independent’ MDA background can be attributed to high-molecular weight contaminants and is not primer-derived in the commercial kits tested. dMDA is orders of magnitude more sensitive than PCR-based techniques for detection of microbial genomic DNA fragments and opens up new possibilities for the ultrasensitive quantification of DNA fragments in a wide variety of application areas using MDA chemistry and off-the-shelf hardware developed for digital PCR.
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影响因子：
4.5
作者：
Marcy, Yann;Ishoey, Thomas;Lasken, Roger S.;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Halpern, Aaron L.;Beeson, Karen Y.;Goldberg, Susanne M. D.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
DOI：
10.1073/pnas.0808028105
发表时间：
2008-10-07
影响因子：
11.1
作者：
Pan, Xinghua;Urban, Alexander Eckehart;Weissman, Sherman M.
通讯作者：
Weissman, Sherman M.
DOI：
10.1073/pnas.89.13.5847
发表时间：
1992-07-01
影响因子：
11.1
作者：
ZHANG, L;CUI, XF;ARNHEIM, N
通讯作者：
ARNHEIM, N
影响因子：
3.7
作者：
Rodrigue S;Malmstrom RR;Berlin AM;Birren BW;Henn MR;Chisholm SW
通讯作者：
Chisholm SW
影响因子：
14.9
作者：
Zhang, YL;Zhang, DB;Cao, W
通讯作者：
Cao, W