Genome-wide association mapping in a wild avian population identifies a link between genetic and phenotypic variation in a life-history trait.
Genome-wide association mapping in a wild avian population identifies a link between genetic and phenotypic variation in a life-history trait.
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野生鸟类种群中的全基因组关联映射确定了生命历史特征中遗传和表型变异之间的联系。
DOI：
10.1098/rspb.2015.0156
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发表时间：
2015-05-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Qvarnström A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Husby A;Kawakami T;Rönnegård L;Smeds L;Ellegren H;Qvarnström A
理解适应中所涉及的性状的遗传基础是进化生物学的一个重大挑战，但仍然知之甚少。在这里，我们使用全基因组关联映射使用自定义的50 k单核苷酸多态性（SNP）阵列在自然种群的领捕蝇草检查的遗传基础的离合器大小，在许多动物物种的重要的生活史特征。我们发现了18号染色体上的关联证据，其中一个SNP在全基因组水平上显著解释了3.9%的表型方差。我们还检测到两个暗示的数量性状位点（QTL）上的第9和第26染色体。基因型之间的健身差异普遍较弱，并不显着，虽然有一些迹象表明，在染色体26上的暗示性QTL的终身生殖成功的性别基因型相互作用。这意味着性拮抗作用可能在维持该QTL的遗传变异中发挥作用。我们的研究结果提供了一个经典的鸟类生活史特征，这将是有用的，为未来的研究，检查分子和细胞功能，以及在这些位点的进化机制的候选区域。
Understanding the genetic basis of traits involved in adaptation is a major challenge in evolutionary biology but remains poorly understood. Here, we use genome-wide association mapping using a custom 50 k single nucleotide polymorphism (SNP) array in a natural population of collared flycatchers to examine the genetic basis of clutch size, an important life-history trait in many animal species. We found evidence for an association on chromosome 18 where one SNP significant at the genome-wide level explained 3.9% of the phenotypic variance. We also detected two suggestive quantitative trait loci (QTLs) on chromosomes 9 and 26. Fitness differences among genotypes were generally weak and not significant, although there was some indication of a sex-by-genotype interaction for lifetime reproductive success at the suggestive QTL on chromosome 26. This implies that sexual antagonism may play a role in maintaining genetic variation at this QTL. Our findings provide candidate regions for a classic avian life-history trait that will be useful for future studies examining the molecular and cellular function of, as well as evolutionary mechanisms operating at, these loci.
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影响因子：
4.9
作者：
Kawakami T;Smeds L;Backström N;Husby A;Qvarnström A;Mugal CF;Olason P;Ellegren H
通讯作者：
Ellegren H
影响因子：
56.9
作者：
Barrett, Rowan D. H.;Rogers, Sean M.;Schluter, Dolph
通讯作者：
Schluter, Dolph
影响因子：
9.8
作者：
Losos, Jonathan B.;Arnold, Stevan J.;Turner, Thomas L.
通讯作者：
Turner, Thomas L.
影响因子：
4.8
作者：
BOYCE, MS;PERRINS, CM
通讯作者：
PERRINS, CM
影响因子：
3.9
作者：
Horgan, Conor P.;McCaffrey, Mary W.
通讯作者：
McCaffrey, Mary W.