Molecular dynamics of a DNA Holliday junction: the inverted repeat sequence d(CCGGTACCGG)ýýý.
Molecular dynamics of a DNA Holliday junction: the inverted repeat sequence d(CCGGTACCGG)ýýý.
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DNA 霍利迪连接体的分子动力学：反向重复序列 d(CCGGTACCGG)×××。
DOI：
10.1016/j.bpj.2011.11.4023
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发表时间：
2012
影响因子：
3.4
通讯作者：
Beveridge,DL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wheatley,ElizabethG;Pieniazek,SusanN;Mukerji,Ishita;Beveridge,DL
全原子分子动力学（MD）的计算机模拟已经成功地应用于溶液中的双链DNA结构的研究，并发现与观测结果接近雅阁。然而，MD力场一般没有针对不寻常的DNA结构进行参数化，并且它们用于获得这类系统的动力学模型需要独立验证。四向连接（4WJ），或霍利迪连接，是一种动态的DNA结构，参与同源复制和双链断裂修复的中央细胞过程。在溶液中观察到两种构象：具有移动的中心和四个双链体臂的平面开放X形式（OPN）和具有两个连续链和两个交叉链的非移动的堆叠X（STX）形式，其通过高盐条件稳定。为了表征4WJ上MD建模的准确性，我们报告了一组从STX结构（PDB代码1dcw）开始的重复序列d（CCGGTACCGG）4上的100 ns的显式溶剂MD模拟，以及为相同序列构建的OPN结构。所有的4WJ分子动力学模拟都收敛到与晶体结构紧密雅阁的稳定STX结构。我们的MD开始于OPN形式，在高盐和低盐条件下自发转化为STX形式，为构象转变提供了模型。因此，这些模拟提供了一个成功的帐户的动态结构的STX形式的d（CCGGTACCGG）4在解决方案，并提供新的，据我们所知，信息的构象稳定性的交界处和分布的抗衡离子在交界处内部。
All-atom molecular dynamics (MD) computer simulations have been applied successfully to duplex DNA structures in solution for some years and found to give close accord with observed results. However, the MD force fields have generally not been parameterized against unusual DNA structures, and their use to obtain dynamical models for this class of systems needs to be independently validated. The four-way junction (4WJ), or Holliday junction, is a dynamic DNA structure involved in central cellular processes of homologous replication and double strand break repair. Two conformations are observed in solution: a planar open-X form (OPN) with a mobile center and four duplex arms, and an immobile stacked-X (STX) form with two continuous strands and two crossover strands, stabilized by high salt conditions. To characterize the accuracy of MD modeling on 4WJ, we report a set of explicit solvent MD simulations of ∼100 ns on the repeat sequence d(CCGGTACCGG)4starting from the STX structure (PDB code 1dcw), and an OPN structure built for the same sequence. All 4WJ MD simulations converged to a stable STX structure in close accord with the crystal structure. Our MD beginning in the OPN form converts to the STX form spontaneously at both high and low salt conditions, providing a model for the conformational transition. Thus, these simulations provide a successful account of the dynamical structure of the STX form of d(CCGGTACCGG)4in solution, and provide new, to our knowledge, information on the conformational stability of the junction and distribution of counterions in the junction interior.
微处理器控制的质谱仪，用于呼吸二氧化碳的全自动纯化和同位素分析。
DOI：
--
发表时间：
1979
期刊：
Biomedical mass spectrometry
影响因子：
--
作者：
Dale A. Schoeller;P. Klein
通讯作者：
P. Klein
C13O216在4.375μ处的红外吸收
DOI：
--
发表时间：
1938
期刊：
影响因子：
--
作者：
A. H. Nielsen
通讯作者：
A. H. Nielsen