MultiLoc2: integrating phylogeny and Gene Ontology terms improves subcellular protein localization prediction.
MultiLoc2: integrating phylogeny and Gene Ontology terms improves subcellular protein localization prediction.
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DOI：
10.1186/1471-2105-10-274
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发表时间：
2009-09-01
影响因子：
3
通讯作者：
Kohlbacher O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blum T;Briesemeister S;Kohlbacher O
蛋白质的亚细胞定位知识对蛋白质组学、药物靶点发现和系统生物学至关重要，因为定位和生物功能高度相关。近年来，各种计算预报方法应运而生。然而，仍然需要表现出更强稳健性和更高精度的预测方法。我们通过结合系统发育概况和基因本体论术语扩展了之前的多定位预测器。两个不同的数据集被用于训练系统，产生了这种高精度预测方法的两个版本。一个版本专门针对球状蛋白，预测了多达五个定位，而第二个版本涵盖了所有11个主要的真核亚细胞定位。在一项有五个定位的基准研究中，MultiLoc2在动物和植物蛋白质方面的表现比其他方法要好得多，在真菌蛋白质方面也差不多。此外，当使用将基准研究扩展到所有11个主要真核亚细胞定位的第二个数据集时，MultiLoc2的表现明显更好。MultiLoc2是一个广泛的高性能的亚细胞蛋白质定位预测系统。通过结合系统发育概况和基因本体论术语，MultiLoc2与其先前的版本相比产生了更高的准确性。此外，在两项基准研究中，它的表现优于其他预测系统。MultiLoc2以用户友好的免费网络服务形式提供，可在以下网址获得：
Knowledge of subcellular localization of proteins is crucial to proteomics, drug target discovery and systems biology since localization and biological function are highly correlated. In recent years, numerous computational prediction methods have been developed. Nevertheless, there is still a need for prediction methods that show more robustness and higher accuracy. We extended our previous MultiLoc predictor by incorporating phylogenetic profiles and Gene Ontology terms. Two different datasets were used for training the system, resulting in two versions of this high-accuracy prediction method. One version is specialized for globular proteins and predicts up to five localizations, whereas a second version covers all eleven main eukaryotic subcellular localizations. In a benchmark study with five localizations, MultiLoc2 performs considerably better than other methods for animal and plant proteins and comparably for fungal proteins. Furthermore, MultiLoc2 performs clearly better when using a second dataset that extends the benchmark study to all eleven main eukaryotic subcellular localizations. MultiLoc2 is an extensive high-performance subcellular protein localization prediction system. By incorporating phylogenetic profiles and Gene Ontology terms MultiLoc2 yields higher accuracies compared to its previous version. Moreover, it outperforms other prediction systems in two benchmarks studies. MultiLoc2 is available as user-friendly and free web-service, available at: .
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10.1016/j.bbrc.2004.06.073
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2004-08-06
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通讯作者：
Cai, YD