Confirmation of novel type 1 diabetes risk loci in families.
Confirmation of novel type 1 diabetes risk loci in families.
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DOI：
10.1007/s00125-012-2450-3
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发表时间：
2012-04
期刊：
影响因子：
8.2
通讯作者：
Rich, S. S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cooper, J. D.;Howson, J. M. M.;Smyth, D.;Walker, N. M.;Stevens, H.;Yang, J. H. M.;She, J. -X.;Eisenbarth, G. S.;Rewers, M.;Todd, J. A.;Akolkar, B.;Concannon, P.;Erlich, H. A.;Julier, C.;Morahan, G.;Nerup, J.;Nierras, C.;Pociot, F.;Rich, S. S.
基因组的 50 多个区域已与 1 型糖尿病风险相关，主要使用大型病例/对照集合。在最近的一项全基因组关联 (GWA) 研究中，鉴定并复制了 18 个新的易感性位点，其中包括来自 2,319 个家族的复制证据。在这里，我们，1 型糖尿病遗传学联盟 (T1DGC)，旨在通过显着提高我们的家庭研究的统计功效，排除由于人群分层而导致 18 个基因座中任何一个出现假阳性的可能性。我们对 3,108 个家庭的 18 个易感位点的最具疾病预测性的单核苷酸多态性进行了基因分型，并使用了原始研究中 2,319 个家庭的现有基因型数据，提供了 7,013 个亲子三人组进行分析。我们使用传递不平衡测试来测试关联。在扩大的家族集合中，18 个易感性位点中有 17 个达到名义显着性水平 (p < 0.05)，其中 14q24.1 略显不足 (p = 0.055)。当我们允许进行多重测试时，17 个名义上显着的位点中有 10 个达到了所需的显着性水平 (p < 2.8 × 10−3)。所有易感位点的效应方向均与原研究一致。 GWA 研究确定的新基因座的结果是真实的，而不是由于人群分层造成的。现在可以进行下一步，即与疾病最相关的基因型与表型的关联，例如对每个易感区域内或附近的候选基因进行 RNA 和蛋白质表达分析。本文的在线版本 (doi:10.1007/s00125-012-2450-3) 包含经过同行评审但未经编辑的补充材料，其中包括 1 型糖尿病遗传学联盟成员的完整列表，可供授权用户使用。
Over 50 regions of the genome have been associated with type 1 diabetes risk, mainly using large case/control collections. In a recent genome-wide association (GWA) study, 18 novel susceptibility loci were identified and replicated, including replication evidence from 2,319 families. Here, we, the Type 1 Diabetes Genetics Consortium (T1DGC), aimed to exclude the possibility that any of the 18 loci were false-positives due to population stratification by significantly increasing the statistical power of our family study. We genotyped the most disease-predicting single-nucleotide polymorphisms at the 18 susceptibility loci in 3,108 families and used existing genotype data for 2,319 families from the original study, providing 7,013 parent–child trios for analysis. We tested for association using the transmission disequilibrium test. Seventeen of the 18 susceptibility loci reached nominal levels of significance (p < 0.05) in the expanded family collection, with 14q24.1 just falling short (p = 0.055). When we allowed for multiple testing, ten of the 17 nominally significant loci reached the required level of significance (p < 2.8 × 10−3). All susceptibility loci had consistent direction of effects with the original study. The results for the novel GWA study-identified loci are genuine and not due to population stratification. The next step, namely correlation of the most disease-associated genotypes with phenotypes, such as RNA and protein expression analyses for the candidate genes within or near each of the susceptibility regions, can now proceed. The online version of this article (doi:10.1007/s00125-012-2450-3) contains peer-reviewed but unedited supplementary material, including a full list of members of the Type 1 Diabetes Genetics Consortium, which is available to authorised users.
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影响因子：
30.8
作者：
Barrett, Jeffrey C.;Clayton, David G.;Concannon, Patrick;Akolkar, Beena;Cooper, Jason D.;Erlich, Henry A.;Julier, Cecile;Morahan, Grant;Nerup, Jorn;Nierras, Concepcion;Plagnol, Vincent;Pociot, Flemming;Schuilenburg, Helen;Smyth, Deborah J.;Stevens, Helen;Todd, John A.;Walker, Neil M.;Rich, Stephen S.
通讯作者：
Rich, Stephen S.
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.8
作者：
Cordell, HJ;Clayton, DG
通讯作者：
Clayton, DG
影响因子：
9.8
作者：
Weinberg, CR
通讯作者：
Weinberg, CR
影响因子：
30.8
作者：
Smyth, Deborah J.;Cooper, Jason D.;Todd, John A.
通讯作者：
Todd, John A.