snoSeeker: an advanced computational package for screening of guide and orphan snoRNA genes in the human genome.
snoSeeker: an advanced computational package for screening of guide and orphan snoRNA genes in the human genome.
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Snoseeker：用于筛选人类基因组中的指南和孤儿snorna基因的高级计算套件。
DOI：
10.1093/nar/gkl672
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Qu, Liang-Hu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Jian-Hua;Zhang, Xiao-Chen;Huang, Zhan-Peng;Zhou, Hui;Huang, Mian-Bo;Zhang, Shu;Chen, Yue-Qin;Qu, Liang-Hu
核仁小RNA（snoRNA）是真核生物中一类丰富的非编码RNA。根据RNA或snRNA的反义序列的存在与否，可将其分为指导snoRNA和孤儿snoRNA。目前的snoRNA搜索程序，其基本上是基于与rRNA或snRNA的序列互补性，仅用于筛选指导snoRNA。在这项研究中，我们开发了一个先进的计算软件包，snoSeeker，其中包括CDseeker和ACAseeker程序，用于高效和特异性筛选哺乳动物基因组中的引导和孤儿snoRNA基因。通过使用这些程序，我们已经系统地扫描了四个人-哺乳动物全基因组比对（WGA）序列，并确定了54个新的候选人，包括26个孤儿候选人以及266个已知的snoRNA基因。18个新的snoRNA进一步实验证实，其中4个snoRNA表现出组织特异性或限制性表达模式。这项研究的结果提供了迄今为止人类基因组中两个snoRNA基因家族的最全面的列表。
Small nucleolar RNAs (snoRNAs) represent an abundant group of non-coding RNAs in eukaryotes. They can be divided into guide and orphan snoRNAs according to the presence or absence of antisense sequence to rRNAs or snRNAs. Current snoRNA-searching programs, which are essentially based on sequence complementarity to rRNAs or snRNAs, exist only for the screening of guide snoRNAs. In this study, we have developed an advanced computational package, snoSeeker, which includes CDseeker and ACAseeker programs, for the highly efficient and specific screening of both guide and orphan snoRNA genes in mammalian genomes. By using these programs, we have systematically scanned four human–mammal whole-genome alignment (WGA) sequences and identified 54 novel candidates including 26 orphan candidates as well as 266 known snoRNA genes. Eighteen novel snoRNAs were further experimentally confirmed with four snoRNAs exhibiting a tissue-specific or restricted expression pattern. The results of this study provide the most comprehensive listing of two families of snoRNA genes in the human genome till date.
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