The SMART Text2FHIR Pipeline.
The SMART Text2FHIR Pipeline.
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SMART Text2FHIR 管道。
DOI：
10.1101/2023.03.21.23287499
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mandl,KennethD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Miller,TimothyA;McMurry,AndrewJ;Jones,James;Gottlieb,Daniel;Mandl,KennethD
目的实现一个开源、免费、易于部署的高吞吐量自然语言处理模块，从临床医生笔记中提取概念，并将其映射到快速医疗互操作性资源（FHIR）中。（Apache cTAKES），我们创建FHIR资源，使用修饰符扩展来表示否定和NLP源，结果SMART Text2FHIR管道是一个开源工具，通过标准包管理器发布，公开可用的容器映像实现了映射，讨论由于新的互操作性规定而增加了数据流动性，可以输出FHIR的NLP过程可以实现用于传输结构化和非结构化数据的通用语言。这个框架可以是有价值的关键公共卫生或临床研究usecases.ConclusionFuture工作应包括映射更多类别的NLP提取的信息到FHIR资源和映射从额外的开源NLP工具。
ObjectiveTo implement an open source, free, and easily deployable high throughput natural language processing module to extract concepts from clinician notes and map them to Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR).Materials and MethodsUsing a popular open-source NLP tool (Apache cTAKES), we create FHIR resources that use modifier extensions to represent negation and NLP sourcing, and another extension to represent provenance of extracted concepts.ResultsThe SMART Text2FHIR Pipeline is an open-source tool, released through standard package managers, and publicly available container images that implement the mappings, enabling ready conversion of clinical text to FHIR.DiscussionWith the increased data liquidity because of new interoperability regulations, NLP processes that can output FHIR can enable a common language for transporting structured and unstructured data. This framework can be valuable for critical public health or clinical research use cases.ConclusionFuture work should include mapping more categories of NLP-extracted information into FHIR resources and mappings from additional open-source NLP tools.
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