High-throughput Preparation of DNA, RNA, and Protein from Cryopreserved Human iPSCs for Multi-omics Analysis.
High-throughput Preparation of DNA, RNA, and Protein from Cryopreserved Human iPSCs for Multi-omics Analysis.
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从冷冻保存的人类 iPSC 中高通量制备 DNA、RNA 和蛋白质，用于多组学分析。
DOI：
10.1002/cpsc.114
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发表时间：
2020
影响因子：
--
通讯作者：
Wu,JosephC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang,JeffreyX;Lau,Edward;Paik,DavidT;Zhuge,Yan;Wu,JosephC
我们描述了使用市售的固相萃取试剂盒从冷冻保存的诱导多能干细胞（iPSC）小瓶中直接分离基因组DNA、RNA和蛋白质的过程，并报告了大分子产量与实验和储存因素之间的关系。在728个不同的iPSC系中，低至100万个冷冻保存的细胞可回收足够数量的DNA、RNA和蛋白质，适用于全基因组测序、RNA测序和质谱实验。从iPSC储存库中提取的核酸冷冻保存长达4年，保持足够的数量和完整性，以最小的基因组DNA片段进行下游分析。细胞计数与DNA或RNA产率之间存在预期的正相关关系，并且在不同的冷冻时间跨度内恢复的细胞产率相当。本文提供了一种同时分离iPSC生物分子进行多组学研究的有效方法。©2020 Wiley期刊有限公司基本方案1:QIAshredder和AllPrep DNA/RNA/蛋白质迷你试剂盒提取和随后的DNA定量和质量分析基本方案2：使用QuBit 4荧光仪和相关试剂盒进行大范围RNA定量和质量分析
We describe the procedure to isolate genomic DNA, RNA, and protein directly from cryopreserved induced pluripotent stem cell (iPSC) vials using commercially available solid‐phase extraction kits, and we report the relationship between macromolecule yields and experimental and storage factors. Sufficient quantities of DNA, RNA, and protein are recoverable from as low as 1 million cryopreserved cells across 728 distinct iPSC lines suitable for whole‐genome sequencing, RNA sequencing, and mass spectrometry experiments. Nucleic acids extracted from iPSC stocks cryopreserved up to 4 years maintain sufficient quantity and integrity for downstream analysis with minimal genomic DNA fragmentation. An expected positive correlation exists between cell count and DNA or RNA yield, with comparable yields recovered between cells across different cryostorage timespans. This article provides an effective way to simultaneously isolate iPSC biomolecules for multi‐omics investigations. © 2020 Wiley Periodicals LLC.Basic Protocol 1: QIAshredder and AllPrep DNA/RNA/protein mini kit extraction and subsequent DNA quantification and quality analysisBasic Protocol 2: Broad‐range RNA quantification and quality assay using QuBit 4 Fluorometer and associated kits
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