Analysis of Genome-Wide Association Study (GWAS) data looking for replicating signals in Alzheimer's disease (AD).
Analysis of Genome-Wide Association Study (GWAS) data looking for replicating signals in Alzheimer's disease (AD).
复制标题
分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据，寻找阿尔茨海默病 (AD) 中的复制信号。
DOI：
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
K. Morgan
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Hui Shi;C. Medway;James Bullock;K. Brown;N. Kalsheker;K. Morgan
我们已经对晚发性阿尔茨海默病（LOAD）中4个GWAS的输出进行了跨平台比较- Reiman等人，2007年; Li等人，2008; Beecham等人，2008和Carrasquillo等人，2009年，寻找新的关联信号。其目的是揭示在研究中复制的基因，因此值得进一步研究。在其他研究中评估了每项研究中p值范围在5×10（-5）- 5×10（-8）之间的所有SNP（直接或在比较来自不同芯片平台的数据时使用完美代理）。这揭示了只有一个单一的SNP（rs 929156在三重基序包含蛋白15，TRIM 15，基因），在所有研究中复制在接近全基因组显著性的水平（P = 8.77×10（-8）），其中比值比的荟萃分析显示对风险有显著影响（OR 1.1，95%CI 1.0-1.2，P = 0.03）。分析的绝大多数数据未能在这些GWAS中复制。我们观察到的复制关联信号的数量并不高于由于偶然性而预期的数量。然而，通过使用来自大型研究的额外数据来增加功效可能使这种方法能够识别用于确证性关联研究的潜在LOAD候选基因。
We have performed cross-platform comparisons of output from 4 GWAS in late-onset Alzheimer's disease (LOAD) - Reiman et al., 2007; Li et al., 2008; Beecham et al., 2008 and Carrasquillo et al., 2009 to search for new association signals. The aim was to reveal genes that replicated across studies and hence merit further investigation. All SNPs with p-values ranging between 5×10(-5) - 5×10(-8) from each study were assessed across the other studies (either directly or by using a perfect proxy when comparing data from different chip platforms). This revealed only a single SNP (rs929156 in the tripartite motif-containing protein 15, TRIM15, gene) that was replicating across all studies at a level approaching genome-wide significance (P = 8.77×10(-8)) and where meta-analysis of odds ratios showed a significant effect on risk (OR 1.1, 95% Cl 1.0-1.2, P = 0.03). The vast majority of data analysed failed to replicate across these GWAS. The number of replicating association signals we observed is no higher than would be expected due to chance. However, increasing the power by using additional data from larger studies may enable this approach to identify potential LOAD candidate genes for confirmatory association studies.
DOI：
10.1001/jama.1989.03430180093036
发表时间：
1989-11-10
影响因子：
120.7
作者：
EVANS, DA;FUNKENSTEIN, H;TAYLOR, JO
通讯作者：
TAYLOR, JO
影响因子：
9.8
作者：
Beecham, Gary W.;Martin, Eden R.;Pericak-Vance, Margaret A.
通讯作者：
Pericak-Vance, Margaret A.