RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes.
RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes.
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REDEX，一种参考基因表达数据集作为基因功能分析的Web工具。
DOI：
10.1038/sdata.2017.105
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发表时间：
2017-08-29
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Bono H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ono H;Ogasawara O;Okubo K;Bono H
基因表达数据呈指数级增长，因此，迫切需要从元数据中对这些序列数据进行功能注释。然而，生命科学家很难利用现有的数据，由于其庞大的规模和复杂的访问。我们已经开发了一个网络工具，用于浏览使用不同方法测量的哺乳动物组织和细胞系的参考基因表达模式，这将有助于重新使用在几个公共数据库中存档的宝贵数据。该网络工具被称为参考表达数据集（RefEx），RefEx允许用户通过基因名称、各种类型的ID、遗传图谱中的染色体区域、基于InterPro的基因家族、基因表达模式或基于Gene Ontology的生物学类别进行搜索。RefEx还提供了关于具有组织特异性表达的基因的信息，并且相对基因表达值显示为来自BodyParts3D的3D人体图像上的choropleth图。结合新纳入的哺乳动物功能注释（FANTOM）数据集，RefEx提供了关于不熟悉基因的功能解释的见解。RefEx可在http://refex.dbcls.jp/上公开获取。
Gene expression data are exponentially accumulating; thus, the functional annotation of such sequence data from metadata is urgently required. However, life scientists have difficulty utilizing the available data due to its sheer magnitude and complicated access. We have developed a web tool for browsing reference gene expression pattern of mammalian tissues and cell lines measured using different methods, which should facilitate the reuse of the precious data archived in several public databases. The web tool is called Reference Expression dataset (RefEx), and RefEx allows users to search by the gene name, various types of IDs, chromosomal regions in genetic maps, gene family based on InterPro, gene expression patterns, or biological categories based on Gene Ontology. RefEx also provides information about genes with tissue-specific expression, and the relative gene expression values are shown as choropleth maps on 3D human body images from BodyParts3D. Combined with the newly incorporated Functional Annotation of Mammals (FANTOM) dataset, RefEx provides insight regarding the functional interpretation of unfamiliar genes. RefEx is publicly available at http://refex.dbcls.jp/.
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