The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years.
The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years.
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DOI：
10.1093/nar/gku1243
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Finn RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mitchell A;Chang HY;Daugherty L;Fraser M;Hunter S;Lopez R;McAnulla C;McMenamin C;Nuka G;Pesseat S;Sangrador-Vegas A;Scheremetjew M;Rato C;Yong SY;Bateman A;Punta M;Attwood TK;Sigrist CJ;Redaschi N;Rivoire C;Xenarios I;Kahn D;Guyot D;Bork P;Letunic I;Gough J;Oates M;Haft D;Huang H;Natale DA;Wu CH;Orengo C;Sillitoe I;Mi H;Thomas PD;Finn RD
InterPro数据库（http://www.ebi.ac.uk/interpro/）是一个免费的资源，可用于将序列分类为蛋白质家族，并预测重要结构域和位点的存在。InterPro数据库的核心是预测模型，称为特征，来自一系列不同的蛋白质家族数据库，这些数据库具有不同的生物学重点，并使用不同的方法方法对蛋白质家族和结构域进行分类。InterPro整合这些特征，利用各个数据库的各自优势，产生强大的蛋白质分类资源。在这里，我们在InterPro进入其运营的第15个年头之际报道其现状，并概述该数据库及其相关的网络接口和软件的新发展。特别地，描述了新的领域体系结构搜索工具，并概述了基因本体术语到InterPro的映射过程。我们还讨论了近年来序列数据爆炸式增长所面临的资源挑战。InterPro（48.0版本）包含36766个成员库签名，集成到26238个InterPro条目中，比2012年增加了3993个条目（5081个签名）。
The InterPro database (http://www.ebi.ac.uk/interpro/) is a freely available resource that can be used to classify sequences into protein families and to predict the presence of important domains and sites. Central to the InterPro database are predictive models, known as signatures, from a range of different protein family databases that have different biological focuses and use different methodological approaches to classify protein families and domains. InterPro integrates these signatures, capitalizing on the respective strengths of the individual databases, to produce a powerful protein classification resource. Here, we report on the status of InterPro as it enters its 15th year of operation, and give an overview of new developments with the database and its associated Web interfaces and software. In particular, the new domain architecture search tool is described and the process of mapping of Gene Ontology terms to InterPro is outlined. We also discuss the challenges faced by the resource given the explosive growth in sequence data in recent years. InterPro (version 48.0) contains 36 766 member database signatures integrated into 26 238 InterPro entries, an increase of over 3993 entries (5081 signatures), since 2012.
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影响因子：
14.9
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
DOI：
10.1093/database/bas019
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Attwood TK;Coletta A;Muirhead G;Pavlopoulou A;Philippou PB;Popov I;Romá-Mateo C;Theodosiou A;Mitchell AL
通讯作者：
Mitchell AL
影响因子：
14.9
作者：
Hunter S;Jones P;Mitchell A;Apweiler R;Attwood TK;Bateman A;Bernard T;Binns D;Bork P;Burge S;de Castro E;Coggill P;Corbett M;Das U;Daugherty L;Duquenne L;Finn RD;Fraser M;Gough J;Haft D;Hulo N;Kahn D;Kelly E;Letunic I;Lonsdale D;Lopez R;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;McMenamin C;Mi H;Mutowo-Muellenet P;Mulder N;Natale D;Orengo C;Pesseat S;Punta M;Quinn AF;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Selengut JD;Sigrist CJ;Scheremetjew M;Tate J;Thimmajanarthanan M;Thomas PD;Wu CH;Yeats C;Yong SY
通讯作者：
Yong SY
影响因子：
14.9
作者：
Lees JG;Lee D;Studer RA;Dawson NL;Sillitoe I;Das S;Yeats C;Dessailly BH;Rentzsch R;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
影响因子：
14.9
作者：
Hastings J;de Matos P;Dekker A;Ennis M;Harsha B;Kale N;Muthukrishnan V;Owen G;Turner S;Williams M;Steinbeck C
通讯作者：
Steinbeck C