A two-dimensional mutate-and-map strategy for non-coding RNA structure.
A two-dimensional mutate-and-map strategy for non-coding RNA structure.
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DOI：
10.1038/nchem.1176
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发表时间：
2011-10-30
期刊：
影响因子：
21.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
非编码RNA折叠成精确的碱基配对模式，在遗传调控和蛋白质合成中发挥关键作用，但确定RNA结构仍然很困难。在这里，我们表明，耦合系统诱变与高通量化学作图，使准确的碱基对推理的结构域从核糖体RNA，核酶和核糖开关。对于挑战先前化学/计算方法的六RNA基准，这种“突变和映射”策略给出了与晶体学一致的二级结构（螺旋错误率，2%），包括对双甘氨酸核糖开关的盲测。通过建模的部分有序状态，该方法使第一次测试的域间螺旋交换假设的配体结合协同甘氨酸核糖开关。最后，关于非编码RNA内三级接触的数据报告，以及与Rosetta/FARFAR算法的耦合给出了腺嘌呤核糖开关的核苷酸分辨率三维模型（螺旋均方根偏差，5.7 μ m）。这些结果建立了一个有前途的二维化学策略，推断的二级和三级结构的基础非编码RNA的行为。
Non-coding RNAs fold into precise base-pairing patterns to carry out critical roles in genetic regulation and protein synthesis, but determining RNA structure remains difficult. Here, we show that coupling systematic mutagenesis with high-throughput chemical mapping enables accurate base-pair inference of domains from ribosomal RNA, ribozymes and riboswitches. For a six-RNA benchmark that has challenged previous chemical/computational methods, this ‘mutate-and-map’ strategy gives secondary structures that are in agreement with crystallography (helix error rates, 2%), including a blind test on a double-glycine riboswitch. Through modelling of partially ordered states, the method enables the first test of an interdomain helix-swap hypothesis for ligand-binding cooperativity in a glycine riboswitch. Finally, the data report on tertiary contacts within non-coding RNAs, and coupling to the Rosetta/FARFAR algorithm gives nucleotide-resolution three-dimensional models (helix root-mean-squared deviation, 5.7 Å) of an adenine riboswitch. These results establish a promising two-dimensional chemical strategy for inferring the secondary and tertiary structures that underlie non-coding RNA behaviour.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
56.9
作者：
Korzhnev, Dmitry M.;Religa, Tomasz L.;Kay, Lewis E.
通讯作者：
Kay, Lewis E.
影响因子：
2.9
作者：
Kladwang, Wipapat;Das, Rhiju
通讯作者：
Das, Rhiju
影响因子：
4.5
作者：
Lemay JF;Desnoyers G;Blouin S;Heppell B;Bastet L;St-Pierre P;Massé E;Lafontaine DA
通讯作者：
Lafontaine DA
影响因子：
2.9
作者：
Duncan CD;Weeks KM
通讯作者：
Weeks KM