The Neuroscience Multi-Omic Archive: a BRAIN Initiative resource for single-cell transcriptomic and epigenomic data from the mammalian brain.
The Neuroscience Multi-Omic Archive: a BRAIN Initiative resource for single-cell transcriptomic and epigenomic data from the mammalian brain.
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DOI：
10.1093/nar/gkac962
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
White, Owen R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ament, Seth A.;Adkins, Ricky S.;Carter, Robert;Chrysostomou, Elena;Colantuoni, Carlo;Crabtree, Jonathan;Creasy, Heather H.;Degatano, Kylee;Felix, Victor;Gandt, Peter;Garden, Gwenn A.;Giglio, Michelle;Herb, Brian R.;Khajouei, Farzaneh;Kiernan, Elizabeth;McCracken, Carrie;McDaniel, Kennedy;Nadendla, Suvarna;Nickel, Lance;Olley, Dustin;Orvis, Joshua;Receveur, Joseph P.;Schor, Mike;Sonthalia, Shreyash;Tickle, Timothy L.;Way, Jessica;Hertzano, Ronna;Mahurkar, Anup A.;White, Owen R.
对单个细胞的转录本和表观基因组进行测序的可扩展技术正在改变我们对细胞类型和细胞状态的理解。脑研究通过推进创新神经技术(大脑)倡议细胞普查网络(BICCN)正在以前所未有的规模应用这些技术来绘制哺乳动物大脑中的细胞类型。为了提高数据公平性(可查找、可访问、可互操作、可重复使用)，美国国立卫生研究院建立了存储库，使BICCN和相关大脑倡议项目产生的数据可供更广泛的研究界使用。在这里，我们描述了神经科学多组学档案馆，它是来自大脑倡议的基因组数据的主要储存库。我们与脑计划的其他研究人员密切合作，将这些数据组织到一个不断扩大的、精选的存储库中，其中包含来自5000多万个脑细胞的转录和表观基因组数据，包括来自成人和产前人类和小鼠大脑所有主要区域的单细胞基因组数据，以及来自非人类灵长类动物的大量单细胞基因组数据。我们提供了几种访问这些数据的工具，包括可搜索的门户网站、用于大规模数据处理的云计算接口(在Terra，terra.bio上实现)，以及可视化和分析平台Nemo Analytics(nemoanalytics.org)。
Scalable technologies to sequence the transcriptomes and epigenomes of single cells are transforming our understanding of cell types and cell states. The Brain Research through Advancing Innovative Neurotechnologies (BRAIN) Initiative Cell Census Network (BICCN) is applying these technologies at unprecedented scale to map the cell types in the mammalian brain. In an effort to increase data FAIRness (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), the NIH has established repositories to make data generated by the BICCN and related BRAIN Initiative projects accessible to the broader research community. Here, we describe the Neuroscience Multi-Omic Archive (NeMO Archive; nemoarchive.org), which serves as the primary repository for genomics data from the BRAIN Initiative. Working closely with other BRAIN Initiative researchers, we have organized these data into a continually expanding, curated repository, which contains transcriptomic and epigenomic data from over 50 million brain cells, including single-cell genomic data from all of the major regions of the adult and prenatal human and mouse brains, as well as substantial single-cell genomic data from non-human primates. We make available several tools for accessing these data, including a searchable web portal, a cloud-computing interface for large-scale data processing (implemented on Terra, terra.bio), and a visualization and analysis platform, NeMO Analytics (nemoanalytics.org).
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单细胞甲基组鉴定哺乳动物皮质中的神经元亚型和调节元素。
DOI：
10.1126/science.aan3351
发表时间：
2017-08-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Luo C;Keown CL;Kurihara L;Zhou J;He Y;Li J;Castanon R;Lucero J;Nery JR;Sandoval JP;Bui B;Sejnowski TJ;Harkins TT;Mukamel EA;Behrens MM;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
影响因子：
46.9
作者：
Cadwell CR;Palasantza A;Jiang X;Berens P;Deng Q;Yilmaz M;Reimer J;Shen S;Bethge M;Tolias KF;Sandberg R;Tolias AS
通讯作者：
Tolias AS
影响因子：
56.9
作者：
Li, Mingfeng;Santpere, Gabriel;Sanders, Stephan
通讯作者：
Sanders, Stephan
单细胞分辨率的小鼠大脑 DNA 甲基化图谱。
影响因子：
64.8
作者：
Liu H;Zhou J;Tian W;Luo C;Bartlett A;Aldridge A;Lucero J;Osteen JK;Nery JR;Chen H;Rivkin A;Castanon RG;Clock B;Li YE;Hou X;Poirion OB;Preissl S;Pinto-Duarte A;O'Connor C;Boggeman L;Fitzpatrick C;Nunn M;Mukamel EA;Zhang Z;Callaway EM;Ren B;Dixon JR;Behrens MM;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
对成人听力难度的31个基因组风险基因座的多词分析的生物学见解。
影响因子：
4.5
作者：
Kalra G;Milon B;Casella AM;Herb BR;Humphries E;Song Y;Rose KP;Hertzano R;Ament SA
通讯作者：
Ament SA