Single-cell methylomes identify neuronal subtypes and regulatory elements in mammalian cortex.
Single-cell methylomes identify neuronal subtypes and regulatory elements in mammalian cortex.
复制标题
单细胞甲基组鉴定哺乳动物皮质中的神经元亚型和调节元素。
DOI：
10.1126/science.aan3351
复制
发表时间：
2017-08-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ecker JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo C;Keown CL;Kurihara L;Zhou J;He Y;Li J;Castanon R;Lucero J;Nery JR;Sandoval JP;Bui B;Sejnowski TJ;Harkins TT;Mukamel EA;Behrens MM;Ecker JR
哺乳动物的大脑包含不同的神经元类型，但我们缺乏能够识别和表征它们的单细胞表观基因组分析。DNA甲基化是一种稳定的表观遗传标记，用于区分细胞类型和标记调控元件。我们从单个神经元细胞核中产生了超过6，000个甲基化组，并使用它们来识别额叶皮层中的16个小鼠和21个人类神经元亚群。CG和非CG甲基化表现出细胞类型特异性分布，我们确定了不同类型的神经元之间的差异甲基化调控元件。甲基化特征鉴定了第6层兴奋性神经元亚型和独特的人小清蛋白表达抑制性神经元亚型。我们观察到更强的跨物种保护的调控元件相比，兴奋性抑制神经元。单核甲基化组扩展了脑细胞类型的图谱，并确定了驱动保守脑细胞多样性的调控元件。
The mammalian brain contains diverse neuronal types, yet we lack single-cell epigenomic assays able to identify and characterize them. DNA methylation is a stable epigenetic mark that distinguishes cell types and marks regulatory elements. We generated >6,000 methylomes from single neuronal nuclei and used them to identify 16 mouse and 21 human neuronal subpopulations in the frontal cortex. CG and non-CG methylation exhibited cell type-specific distributions and we identified regulatory elements with differential methylation across neuron types. Methylation signatures identified a layer 6 excitatory neuron subtype and a unique human parvalbumin-expressing inhibitory neuron subtype. We observed stronger cross-species conservation of regulatory elements in inhibitory compared with excitatory neurons. Single-nucleus methylomes expand the atlas of brain cell types and identify regulatory elements that drive conserved brain cell diversity.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Schultz, Matthew D.;He, Yupeng;Whitaker, John W.;Hariharan, Manoj;Mukamel, Eran A.;Leung, Danny;Rajagopal, Nisha;Nery, Joseph R.;Urich, Mark A.;Chen, Huaming;Lin, Shin;Lin, Yiing;Jung, Inkyung;Schmitt, Anthony D.;Selvaraj, Siddarth;Ren, Bing;Sejnowski, Terrence J.;Wang, Wei;Ecker, Joseph R.
通讯作者：
Ecker, Joseph R.
影响因子：
48
作者：
Angermueller C;Clark SJ;Lee HJ;Macaulay IC;Teng MJ;Hu TX;Krueger F;Smallwood S;Ponting CP;Voet T;Kelsey G;Stegle O;Reik W
通讯作者：
Reik W
影响因子：
3.7
作者：
Sorensen, Staci A.;Bernard, Amy;Lein, Ed S.
通讯作者：
Lein, Ed S.
影响因子：
64.5
作者：
Whyte WA;Orlando DA;Hnisz D;Abraham BJ;Lin CY;Kagey MH;Rahl PB;Lee TI;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
3.7
作者：
Huang Y;Pastor WA;Shen Y;Tahiliani M;Liu DR;Rao A
通讯作者：
Rao A