Broadly sampled multigene trees of eukaryotes.
Broadly sampled multigene trees of eukaryotes.
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DOI：
10.1186/1471-2148-8-14
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发表时间：
2008-01-18
影响因子：
3.4
通讯作者：
Katz LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yoon HS;Grant J;Tekle YI;Wu M;Chaon BC;Cole JC;Logsdon JM Jr;Patterson DJ;Bhattacharya D;Katz LA
我们对真核生物的生命树和微生物真核生物的巨大多样性的理解是在流动的额外的基因和不同的分类群进行分子分析。尽管在许多分析不稳定，有一个日益增长的趋势，真核生物的多样性分为六个主要的超级组：'变形虫'，'Chromalveolata'，'Excavata'，'Opisthokonta'，'Plantae'和'Rhizaria'。以前的分子分析往往遭受要么广泛的分类群采样仅使用单基因数据或使用多基因数据与有限的样本分类群。这项研究有两个主要目的：（1）将由72个序列代表的分类群，其中61个以前没有被描述过，放在一个采样良好的多基因谱系上，以及（2）使用两个分类群丰富的数据集和各种系统发育方法来评估对六个假定的超群的支持。推断的树木揭示了强有力的支持，许多分支，也有定义超微结构或分子特征。相比之下，我们发现有限的大多数假定的超群没有支持，因为只有“后孔达”在我们的分析中得到强有力的支持。超级群体“Amoebozoa”仅获得中等支持，而“Chromalveolata”、“Excavata”、“Plantae”和“Rhizaria”获得的支持非常有限或没有。我们的分析方法证实的权力，增加分类单元采样，在放置不同的真核细胞谱系内支持良好的分支。同时，这项研究表明，更高层次的真核生物分类的六超群假说可能是不成熟的。使用一个分类丰富的数据集与105个谱系，其中仍然只包括一小部分的微生物真核生物的多样性，未能解决更深层次的系统发育关系，并揭示了六个建议的超类群中的四个没有支持。我们的分析提供了一个出发点，为未来的分类和基因丰富的真核生物树的分析，这将是至关重要的解决它们的系统发育相互关系。
Our understanding of the eukaryotic tree of life and the tremendous diversity of microbial eukaryotes is in flux as additional genes and diverse taxa are sampled for molecular analyses. Despite instability in many analyses, there is an increasing trend to classify eukaryotic diversity into six major supergroups: the 'Amoebozoa', 'Chromalveolata', 'Excavata', 'Opisthokonta', 'Plantae', and 'Rhizaria'. Previous molecular analyses have often suffered from either a broad taxon sampling using only single-gene data or have used multigene data with a limited sample of taxa. This study has two major aims: (1) to place taxa represented by 72 sequences, 61 of which have not been characterized previously, onto a well-sampled multigene genealogy, and (2) to evaluate the support for the six putative supergroups using two taxon-rich data sets and a variety of phylogenetic approaches. The inferred trees reveal strong support for many clades that also have defining ultrastructural or molecular characters. In contrast, we find limited to no support for most of the putative supergroups as only the 'Opisthokonta' receive strong support in our analyses. The supergroup 'Amoebozoa' has only moderate support, whereas the 'Chromalveolata', 'Excavata', 'Plantae', and 'Rhizaria' receive very limited or no support. Our analytical approach substantiates the power of increased taxon sampling in placing diverse eukaryotic lineages within well-supported clades. At the same time, this study indicates that the six supergroup hypothesis of higher-level eukaryotic classification is likely premature. The use of a taxon-rich data set with 105 lineages, which still includes only a small fraction of the diversity of microbial eukaryotes, fails to resolve deeper phylogenetic relationships and reveals no support for four of the six proposed supergroups. Our analyses provide a point of departure for future taxon- and gene-rich analyses of the eukaryotic tree of life, which will be critical for resolving their phylogenetic interrelationships.
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影响因子：
10.7
作者：
Burki, Fabien;Pawlowski, Jan
通讯作者：
Pawlowski, Jan
影响因子：
1.6
作者：
CAVALIERSMITH, T
通讯作者：
CAVALIERSMITH, T
DOI：
10.1099/00207713-52-2-297
发表时间：
2002-03-01
影响因子：
2.8
作者：
Cavalier-Smith, T
通讯作者：
Cavalier-Smith, T
影响因子：
10.7
作者：
Archibald, JM;Longet, D;Keeling, PJ
通讯作者：
Keeling, PJ
DOI：
10.1073/pnas.90.24.11558
发表时间：
1993-12-15
影响因子：
11.1
作者：
BALDAUF, SL;PALMER, JD
通讯作者：
PALMER, JD