Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology.
Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology.
复制标题
DOI：
10.1093/bib/bbac212
复制
发表时间：
2022-07-18
影响因子：
9.5
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在系统生物学中，计算模型经常被用来研究复杂系统的动态行为。随着计算模型数量的增加，找到提高这些模型的可重用性及其再现虚拟实验的能力的方法变得至关重要。正确和有效的模型注释在社区支持和标准化的格式是必要的，这一改进。在这里，我们提出了最近的努力，在生物学中的注释，可访问，可重复和可互操作的计算模型的一个共同的框架，并讨论该领域的主要挑战。
Computational models are often employed in systems biology to study the dynamic behaviours of complex systems. With the rise in the number of computational models, finding ways to improve the reusability of these models and their ability to reproduce virtual experiments becomes critical. Correct and effective model annotation in community-supported and standardised formats is necessary for this improvement. Here, we present recent efforts toward a common framework for annotated, accessible, reproducible and interoperable computational models in biology, and discuss key challenges of the field.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa864
发表时间：
2021-07-19
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bernal-Llinares M;Ferrer-Gómez J;Juty N;Goble C;Wimalaratne SM;Hermjakob H
通讯作者：
Hermjakob H
影响因子：
3
作者：
Bergmann FT;Adams R;Moodie S;Cooper J;Glont M;Golebiewski M;Hucka M;Laibe C;Miller AK;Nickerson DP;Olivier BG;Rodriguez N;Sauro HM;Scharm M;Soiland-Reyes S;Waltemath D;Yvon F;Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N
影响因子：
14.9
作者：
Gillespie M;Jassal B;Stephan R;Milacic M;Rothfels K;Senff-Ribeiro A;Griss J;Sevilla C;Matthews L;Gong C;Deng C;Varusai T;Ragueneau E;Haider Y;May B;Shamovsky V;Weiser J;Brunson T;Sanati N;Beckman L;Shao X;Fabregat A;Sidiropoulos K;Murillo J;Viteri G;Cook J;Shorser S;Bader G;Demir E;Sander C;Haw R;Wu G;Stein L;Hermjakob H;D'Eustachio P
通讯作者：
D'Eustachio P
影响因子：
7.4
作者：
Erdemir A;Mulugeta L;Ku JP;Drach A;Horner M;Morrison TM;Peng GCY;Vadigepalli R;Lytton WW;Myers JG Jr
通讯作者：
Myers JG Jr
影响因子：
9.9
作者：
Keating SM;Waltemath D;König M;Zhang F;Dräger A;Chaouiya C;Bergmann FT;Finney A;Gillespie CS;Helikar T;Hoops S;Malik-Sheriff RS;Moodie SL;Moraru II;Myers CJ;Naldi A;Olivier BG;Sahle S;Schaff JC;Smith LP;Swat MJ;Thieffry D;Watanabe L;Wilkinson DJ;Blinov ML;Begley K;Faeder JR;Gómez HF;Hamm TM;Inagaki Y;Liebermeister W;Lister AL;Lucio D;Mjolsness E;Proctor CJ;Raman K;Rodriguez N;Shaffer CA;Shapiro BE;Stelling J;Swainston N;Tanimura N;Wagner J;Meier-Schellersheim M;Sauro HM;Palsson B;Bolouri H;Kitano H;Funahashi A;Hermjakob H;Doyle JC;Hucka M;SBML Level 3 Community members
通讯作者：
SBML Level 3 Community members