Ultra-sensitive detection of rare T cell clones.
Ultra-sensitive detection of rare T cell clones.
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DOI：
10.1016/j.jim.2011.09.001
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发表时间：
2012-01-31
影响因子：
2.2
通讯作者：
Cerosaletti, Karen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Robins, Harlan;Desmarais, Cindy;Matthis, Jessica;Livingston, Robert;Andriesen, Jessica;Reijonen, Helena;Carlson, Christopher;Nepom, Gerold;Yee, Cassian;Cerosaletti, Karen
关键词：
高通量测序的进展使技术能够以前所未有的深度探测适应性免疫系统。我们开发了一种多重PCR方法，可以在几天内从单个样品中对数千万个T细胞受体（TCR）进行测序。提出了一种方法来测试该测定的精密度、准确度和灵敏度。将每个具有一个固定的生产性TCR重排的T细胞克隆掺入复杂的血细胞样品中。对来自总共11个样品的TCR进行测序，掺杂的T细胞克隆的范围为总样品的10%至0.001%（100，000个细胞中的一个）。该检测方法甚至能够检测到最罕见的克隆。在5个数量级范围内证明了试验的精密度。在100，000倍动态范围内，每个克隆的准确度在总因子3内。此外，该测定显示出高度可重复性。
Advances in high-throughput sequencing have enabled technologies that probe the adaptive immune system with unprecedented depth. We have developed a multiplex PCR method to sequence tens of millions of T cell receptors (TCRs) from a single sample in a few days. A method is presented to test the precision, accuracy, and sensitivity of this assay. T cell clones, each with one fixed productive TCR rearrangement, are doped into complex blood cell samples. TCRs from a total of eleven samples are sequenced, with the doped T cell clones ranging from 10% of the total sample to 0.001% (one cell in 100,000). The assay is able to detect even the rarest clones. The precision of the assay is demonstrated across five orders of magnitude. The accuracy for each clone is within an overall factor of three across the 100,000 fold dynamic range. Additionally, the assay is shown to be highly repeatable.
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影响因子：
56.9
作者：
Arstila, TP;Casrouge, A;Kourilsky, P
通讯作者：
Kourilsky, P
DOI：
10.1073/pnas.0913939107
发表时间：
2010-01-26
影响因子：
11.1
作者：
Wang, Chunlin;Sanders, Catherine M.;Han, Jian
通讯作者：
Han, Jian
影响因子：
158.5
作者：
Hunder, Naomi N.;Wallen, Herschel;Yee, Cassian
通讯作者：
Yee, Cassian
DOI：
10.1126/science.1170020
发表时间：
2009-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Weinstein JA;Jiang N;White RA 3rd;Fisher DS;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
7
作者：
Freeman, J. Douglas;Warren, Rene L.;Holt, Robert A.
通讯作者：
Holt, Robert A.