Mechanochemical regulations of RPA's binding to ssDNA.
Mechanochemical regulations of RPA's binding to ssDNA.
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DOI：
10.1038/srep09296
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发表时间：
2015-03-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Yan J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen J;Le S;Basu A;Chazin WJ;Yan J
复制蛋白A（RPA）是一种普遍存在的真核单链DNA（ssDNA）结合蛋白，其作用是保护ssDNA免于降解和退火，并且在细胞中几乎所有的DNA处理中作为许多下游因子的募集模板。在许多这样的交易中，DNA是被束缚的，很可能会受到武力的影响。以前的RPA对ssDNA的结合行为的研究是在没有力的情况下进行的;因此，RPA-ssDNA构象受力的调节仍然不清楚。在这里，使用原子力显微镜成像和机械操作的单ssDNA系链的组合，我们表明，力介导的RPA结合的ssDNA从无定形聚集到一个更有规律的扩展构象的开关。此外，我们发现了一个有趣的非单调依赖性的结合亲和力在力的存在下，对单价盐浓度。此外，我们发现微摩尔浓度的锌将ssDNA驱动到一个独特的，高度刚性和更紧凑的状态。这些结果提供了新的机械力化学见解RPA的影响和作用机制的大单ssDNA。
Replication protein A (RPA) is a ubiquitous eukaryotic single-stranded DNA (ssDNA) binding protein that serves to protect ssDNA from degradation and annealing, and as a template for recruitment of many downstream factors in virtually all DNA transactions in cell. During many of these transactions, DNA is tethered and is likely subject to force. Previous studies of RPA's binding behavior on ssDNA were conducted in the absence of force; therefore the RPA-ssDNA conformations regulated by force remain unclear. Here, using a combination of atomic force microscopy imaging and mechanical manipulation of single ssDNA tethers, we show that force mediates a switch of the RPA bound ssDNA from amorphous aggregation to a much more regular extended conformation. Further, we found an interesting non-monotonic dependence of the binding affinity on monovalent salt concentration in the presence of force. In addition, we discovered that zinc in micromolar concentrations drives ssDNA to a unique, highly stiff and more compact state. These results provide new mechanochemical insights into the influences and the mechanisms of action of RPA on large single ssDNA.
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影响因子：
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作者：
Gibb B;Ye LF;Gergoudis SC;Kwon Y;Niu H;Sung P;Greene EC
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COVERLEY, D;KENNY, MK;WOOD, RD
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Cai, Lifeng;Roginskaya, Marina;Zou, Yue
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