REVIGO summarizes and visualizes long lists of gene ontology terms.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0021800
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Šmuc T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Supek F;Bošnjak M;Škunca N;Šmuc T
高通量生物实验的结果通常由基因本体论(GO)定义的丰富基因功能类别的统计测试来解释。由此产生的围棋术语列表可能很大，并且高度冗余，因此很难解释。REVIGO是一种Web服务器，它通过使用依赖于语义相似性度量的简单聚类算法找到具有代表性的围棋术语子集，来汇总围棋术语的冗长且难以理解的列表。此外，REVIGO以多种方式可视化这个非冗余的围棋术语集，以帮助解释：多维缩放和基于图形的可视化准确地呈现数据中的细分和语义关系，而树状地图和标签云也作为替代视图提供。REVIGO可在http://revigo.irb.hr/.上免费获得
Outcomes of high-throughput biological experiments are typically interpreted by statistical testing for enriched gene functional categories defined by the Gene Ontology (GO). The resulting lists of GO terms may be large and highly redundant, and thus difficult to interpret. REVIGO is a Web server that summarizes long, unintelligible lists of GO terms by finding a representative subset of the terms using a simple clustering algorithm that relies on semantic similarity measures. Furthermore, REVIGO visualizes this non-redundant GO term set in multiple ways to assist in interpretation: multidimensional scaling and graph-based visualizations accurately render the subdivisions and the semantic relationships in the data, while treemaps and tag clouds are also offered as alternative views. REVIGO is freely available at http://revigo.irb.hr/.
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