Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms.
Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.1c00771
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发表时间：
2022-04-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Vizcaíno JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
LeDuc RD;Deutsch EW;Binz PA;Fellers RT;Cesnik AJ;Klein JA;Van Den Bossche T;Gabriels R;Yalavarthi A;Perez-Riverol Y;Carver J;Bittremieux W;Kawano S;Pullman B;Bandeira N;Kelleher NL;Thomas PM;Vizcaíno JA
对于蛋白质组学社区来说，重要的是要有一个标准化的方式来表示蛋白质或肽一级序列的所有可能的变化，包括天然的，化学诱导的和人为的修饰。人类蛋白质组组织（HUPO）蛋白质组学标准倡议（PSI）与自上而下蛋白质组学联盟（CTDP）的几个成员合作开发了一个名为ProForma 2.0的标准符号，它是CTDP开发的原始ProForma符号的实质性扩展。ProForma 2.0旨在统一Proteoforms和Peptidoforms的表示。ProForma 2.0支持自下而上和中间/自上而下的蛋白质组学方法所需的用例，并允许使用人类和机器可读的字符串编码高度修饰的蛋白质和肽。ProForma 2.0可用于表示指定或模糊位置的蛋白质修饰，由质量位移，化学式或受控词汇术语指定，包括交联（天然和化学）和原子同位素。符号约定基于公共控制的词汇表和本体。有关软件实现的最新完整规范文档和信息，请访问http://psidev.info/proforma。
It is important for the proteomics community to have a standardized manner to represent all possible variations of a protein or peptide primary sequence, including natural, chemically-induced and artifactual modifications. The Human Proteome Organization (HUPO) Proteomics Standards Initiative (PSI) in collaboration with several members of the Consortium for Top-Down Proteomics (CTDP) has developed a standard notation called ProForma 2.0, which is a substantial extension of the original ProForma notation developed by the CTDP. ProForma 2.0 aims to unify the representation of proteoforms and peptidoforms. ProForma 2.0 supports use cases needed for bottom-up and middle-/top-down proteomics approaches and allows the encoding of highly modified proteins and peptides using a human-and machine-readable string. ProForma 2.0 can be used to represent protein modifications in a specified or ambiguous location, designated by mass shifts, chemical formulas, or controlled vocabulary terms, including cross-links (natural and chemical), and atomic isotopes. Notational conventions are based on public controlled vocabularies and ontologies. The most up-to-date full specification document and information about software implementations are available at http://psidev.info/proforma.
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DOI：
10.1074/mcp.m117.068429
发表时间：
2017-07
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Vizcaíno JA;Mayer G;Perkins S;Barsnes H;Vaudel M;Perez-Riverol Y;Ternent T;Uszkoreit J;Eisenacher M;Fischer L;Rappsilber J;Netz E;Walzer M;Kohlbacher O;Leitner A;Chalkley RJ;Ghali F;Martínez-Bartolomé S;Deutsch EW;Jones AR
通讯作者：
Jones AR
影响因子：
4.4
作者：
Binz, Pierre-Alain;Shofstahl, Jim;Deutsch, Eric W.
通讯作者：
Deutsch, Eric W.
影响因子：
4.4
作者：
Levitsky, Lev I.;Klein, Joshua A.;Gorshkov, Mikhail V.
通讯作者：
Gorshkov, Mikhail V.
蛋白质组学样本元数据表示多组学集成和大数据分析。
影响因子：
16.6
作者：
Dai C;Füllgrabe A;Pfeuffer J;Solovyeva EM;Deng J;Moreno P;Kamatchinathan S;Kundu DJ;George N;Fexova S;Grüning B;Föll MC;Griss J;Vaudel M;Audain E;Locard-Paulet M;Turewicz M;Eisenacher M;Uszkoreit J;Van Den Bossche T;Schwämmle V;Webel H;Schulze S;Bouyssié D;Jayaram S;Duggineni VK;Samaras P;Wilhelm M;Choi M;Wang M;Kohlbacher O;Brazma A;Papatheodorou I;Bandeira N;Deutsch EW;Vizcaíno JA;Bai M;Sachsenberg T;Levitsky LI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
影响因子：
48
作者：
Deutsch EW;Perez-Riverol Y;Carver J;Kawano S;Mendoza L;Van Den Bossche T;Gabriels R;Binz PA;Pullman B;Sun Z;Shofstahl J;Bittremieux W;Mak TD;Klein J;Zhu Y;Lam H;Vizcaíno JA;Bandeira N
通讯作者：
Bandeira N