Global mapping of protein-metabolite interactions in Saccharomyces cerevisiae reveals that Ser-Leu dipeptide regulates phosphoglycerate kinase activity.
Global mapping of protein-metabolite interactions in Saccharomyces cerevisiae reveals that Ser-Leu dipeptide regulates phosphoglycerate kinase activity.
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DOI：
10.1038/s42003-021-01684-3
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发表时间：
2021-02-10
影响因子：
5.9
通讯作者：
Skirycz A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luzarowski M;Vicente R;Kiselev A;Wagner M;Schlossarek D;Erban A;de Souza LP;Childs D;Wojciechowska I;Luzarowska U;Górka M;Sokołowska EM;Kosmacz M;Moreno JC;Brzezińska A;Vegesna B;Kopka J;Fernie AR;Willmitzer L;Ewald JC;Skirycz A
蛋白质-代谢物相互作用对所有细胞过程都至关重要，但仍然研究不足。在这里，我们采用了一种名为PROMIS的生物化学方法，以解决模型酵母酿酒酵母中蛋白质-小分子相互作用组的复杂性。通过这样做，我们提供了一个独特的数据集，可以使用https://promis.mpimp-golm.mpg.de/yeastpmi/上的用户友好界面查询74个小分子和3982个蛋白质之间的相互作用。通过内插PROMIS与预测的蛋白质-代谢物相互作用的列表，我们提供了225个结合事件的实验验证。值得注意的是，在与蛋白质共洗脱的74种小分子中，36种是蛋白质生成二肽。有针对性的分析，一个代表性的二肽，丝氨酸-亮氨酸，揭示了许多蛋白质的相互作用，包括分子伴侣，蛋白酶体亚基，和代谢酶。我们可以进一步证明Ser-Leu结合增加糖酵解酶磷酸甘油酸激酶（Pgk 1）的活性。与结合分析一致，补充Ser-Leu导致急性代谢变化并延迟二次转换的时间。支持的二肽积累分析，我们的工作证明Ser-Leu的作用，作为一个代谢调节蛋白质降解和中央代谢的接口。Marcin Luzarowski等人使用一种新方法PROMIS系统分析酵母中蛋白质小分子相互作用。他们的工作提供了一个实验性的S.酿酒酵母和揭示Ser-Leu二肽激活Pgk 1，并改变细胞代谢。
Protein–metabolite interactions are of crucial importance for all cellular processes but remain understudied. Here, we applied a biochemical approach named PROMIS, to address the complexity of the protein–small molecule interactome in the model yeast Saccharomyces cerevisiae. By doing so, we provide a unique dataset, which can be queried for interactions between 74 small molecules and 3982 proteins using a user-friendly interface available at https://promis.mpimp-golm.mpg.de/yeastpmi/. By interpolating PROMIS with the list of predicted protein–metabolite interactions, we provided experimental validation for 225 binding events. Remarkably, of the 74 small molecules co-eluting with proteins, 36 were proteogenic dipeptides. Targeted analysis of a representative dipeptide, Ser-Leu, revealed numerous protein interactors comprising chaperones, proteasomal subunits, and metabolic enzymes. We could further demonstrate that Ser-Leu binding increases activity of a glycolytic enzyme phosphoglycerate kinase (Pgk1). Consistent with the binding analysis, Ser-Leu supplementation leads to the acute metabolic changes and delays timing of a diauxic shift. Supported by the dipeptide accumulation analysis our work attests to the role of Ser-Leu as a metabolic regulator at the interface of protein degradation and central metabolism. Marcin Luzarowski et al. use a new method PROMIS for systematic analysis of protein small molecule interactions in yeast. Their work provides an experimentally-derived catalogue of protein–metabolite complexes in S. cerevisiae and reveals that the Ser-Leu dipeptide activates Pgk1, and alters cellular metabolism.
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DOI：
10.1158/1541-7786.mcr-12-0437-t
发表时间：
2013-06
期刊：
Molecular cancer research : MCR
影响因子：
--
作者：
Chaudhri VK;Salzler GG;Dick SA;Buckman MS;Sordella R;Karoly ED;Mohney R;Stiles BM;Elemento O;Altorki NK;McGraw TE
通讯作者：
McGraw TE
影响因子：
6
作者：
Grove A
通讯作者：
Grove A
影响因子：
4.6
作者：
Gorka, Michal;Swart, Corne;Graf, Alexander
通讯作者：
Graf, Alexander
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
7.2
作者：
Gibon, Y;Vigeolas, H;Stitt, M
通讯作者：
Stitt, M