Power transformations improve interpolation of grids for molecular mechanics interaction energies.
Power transformations improve interpolation of grids for molecular mechanics interaction energies.
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功率转化改善了分子力学相互作用能量的网格插值。
DOI：
10.1002/jcc.25180
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发表时间：
2018-07-15
影响因子：
3
通讯作者：
Minh DDL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Minh DDL
加速分子对接计算的一个常见策略是预先计算受体分子和一组三维网格之间的非键相互作用能。然后对网格进行插值以计算许多不同结合位姿的配体原子的能量。在这里，我评估的平滑策略，采取幂变换的网格点能量和逆变换的三线性插值的结果。对于来自85种蛋白质-配体复合物的分子对接姿态，这种平滑过程导致显著的精度提高，包括在0.4 μ m的网格间距下均方根误差的大约两倍减小，并且即使在0.7 μ m的网格间距下也保持对对接姿态进行排序的能力。
A common strategy for speeding up molecular docking calculations is to precompute nonbonded interaction energies between a receptor molecule and a set of three-dimensional grids. The grids are then interpolated to compute energies for ligand atoms in many different binding poses. Here I evaluate a smoothing strategy of taking a power transformation of grid point energies and inverse transformation of the result from trilinear interpolation. For molecular docking poses from 85 protein-ligand complexes, this smoothing procedure leads to significant accuracy improvements, including an approximately twofold reduction in the root mean square error at a grid spacing of 0.4 Å and retaining the ability to rank docking poses even at a grid spacing of 0.7 Å.
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