VfoldMCPX: predicting multistrand RNA complexes.
VfoldMCPX: predicting multistrand RNA complexes.
复制标题
DOI：
10.1261/rna.079020.121
复制
发表时间：
2022-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Chen SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang S;Cheng Y;Guo P;Chen SJ
多链RNA复合体在RNA相关的生物过程中起着至关重要的作用。为了理解RNA的功能和合理设计RNA纳米结构，需要准确预测包括假结在内的复合体的结构和折叠稳定性。在这里，我们提出了一个新的模型VfoldMCPX，用于预测多链RNA复合体的二维结构和折叠稳定性。基于配分函数和物理环自由能参数相结合的算法，VfoldMCPX模型不仅预测了络合物的天然结构，还预测了其折叠稳定性。该模型的一个重要优点是能够处理假结结构。对结构预测的广泛测试表明，VfoldMCPX模型为多链RNA复合体提供了更高的准确性，特别是对于具有三条或更多链和/或包含假结的RNA复合体。我们已经开发了一个可免费访问的VfoldMCPX Web服务器。
Multistrand RNA complexes play a critical role in RNA-related biological processes. The understanding of RNA functions and the rational design of RNA nanostructures require accurate prediction of the structure and folding stability of the complexes, including those containing pseudoknots. Here, we present VfoldMCPX, a new model for predicting two-dimensional (2D) structures and folding stabilities of multistrand RNA complexes. Based on a partition function-based algorithm combined with physical loop free energy parameters, the VfoldMCPX model predicts not only the native structure but also the folding stability of the complex. An important advantage of the model is the ability to treat pseudoknotted structures. Extensive tests on structure predictions show the VfoldMCPX model provides improved accuracy for multistranded RNA complexes, especially for RNA complexes with three or more strands and/or containing pseudoknots. We have developed a freely accessible VfoldMCPX web server at .
登录
查看更多内容
DOI：
10.1261/rna.043976.113
发表时间：
2014-06
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao S;Xu X;Chen SJ
通讯作者：
Chen SJ
影响因子：
5.6
作者：
Andronescu, M;Zhang, ZC;Condon, A
通讯作者：
Condon, A
影响因子：
5.6
作者：
Cao, S;Chen, SJ
通讯作者：
Chen, SJ
影响因子：
56.9
作者：
Chworos, A;Severcan, I;Jaeger, L
通讯作者：
Jaeger, L
影响因子：
4.5
作者：
Binzel, Daniel W.;Khisamutdinov, Emil;Guo, Peixuan
通讯作者：
Guo, Peixuan