KIDFamMap: a database of kinase-inhibitor-disease family maps for kinase inhibitor selectivity and binding mechanisms.
KIDFamMap: a database of kinase-inhibitor-disease family maps for kinase inhibitor selectivity and binding mechanisms.
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DOI：
10.1093/nar/gks1218
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chiu YY;Lin CT;Huang JW;Hsu KC;Tseng JH;You SR;Yang JM
激酶在信号通路中发挥着核心作用，是许多疾病的有希望的治疗靶点。设计选择性激酶抑制剂是一项新兴且具有挑战性的任务，因为激酶共享一个进化保守的 ATP 结合位点。 KIDFamMap (http://gemdock.life.nctu.edu.tw/KIDFamMap/) 是第一个探索激酶抑制剂家族 (KIF) 和激酶抑制剂疾病 (KID) 关系以了解激酶抑制剂选择性和机制的数据库。该数据库包括 1208 个 KIF、962 个 KID、55 603 个激酶抑制剂相互作用 (KII)、35 788 个激酶抑制剂、399 个人类蛋白激酶、339 种疾病和 638 种疾病等位基因变异。这里，KIF可以定义如下：（i）KIF中具有显着序列相似性的激酶，（ii）KIF中具有显着拓扑相似性的抑制剂，以及（iii）KIF中具有显着相互作用相似性的KII。 KIF 内的 KII 通常在某些共有 KIDFamMap 锚点上是保守的，这些锚点代表激酶亚位点与其抑制剂的共有部分之间的保守相互作用。我们的实验结果表明，KIF 的成员通常具有相似的抑制特征。 KIDFamMap 锚点可以反映激酶构象类型、激酶功能和激酶抑制剂选择性。我们相信 KIDFamMap 提供了对激酶抑制剂选择性和结合机制的生物学见解。
Kinases play central roles in signaling pathways and are promising therapeutic targets for many diseases. Designing selective kinase inhibitors is an emergent and challenging task, because kinases share an evolutionary conserved ATP-binding site. KIDFamMap (http://gemdock.life.nctu.edu.tw/KIDFamMap/) is the first database to explore kinase-inhibitor families (KIFs) and kinase-inhibitor-disease (KID) relationships for kinase inhibitor selectivity and mechanisms. This database includes 1208 KIFs, 962 KIDs, 55 603 kinase-inhibitor interactions (KIIs), 35 788 kinase inhibitors, 399 human protein kinases, 339 diseases and 638 disease allelic variants. Here, a KIF can be defined as follows: (i) the kinases in the KIF with significant sequence similarity, (ii) the inhibitors in the KIF with significant topology similarity and (iii) the KIIs in the KIF with significant interaction similarity. The KIIs within a KIF are often conserved on some consensus KIDFamMap anchors, which represent conserved interactions between the kinase subsites and consensus moieties of their inhibitors. Our experimental results reveal that the members of a KIF often possess similar inhibition profiles. The KIDFamMap anchors can reflect kinase conformations types, kinase functions and kinase inhibitor selectivity. We believe that KIDFamMap provides biological insights into kinase inhibitor selectivity and binding mechanisms.
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