Understanding the transcriptome through RNA structure.
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DOI：
10.1038/nrg3049
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发表时间：
2011-08-18
期刊：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
RNA结构对基因调控和功能至关重要。过去，转录组主要通过初级序列和表达水平来解析，但现在基于RNA结构来注释和比较转录组已经变得可行。除了计算预测方法外，最近通过深度测序探测RNA结构的实验技术的出现使RNA结构的全基因组测量成为可能，并提供了真核生物转录组的结构组织的第一张图片-“RNA结构组”。随着方法的改进和解释的进一步进步，转录组的结构视图应该有助于识别和验证参与各种细胞过程的调控RNA基序，从而增加对RNA功能的理解。
RNA structure is critical for gene regulation and function. In the past, transcriptomes have been largely parsed by primary sequences and expression levels, but it is now becoming feasible to annotate and compare transcriptomes based on RNA structure. In addition to computational prediction methods, the recent advent of experimental techniques to probe RNA structure by deep sequencing has enabled genome-wide measurements of RNA structure, and provided the first picture of the structural organization of an eukaryotic transcriptome—the “RNA structurome”. With additional advances in method refinement and interpretation, structural views of the transcriptome should help to identify and validate regulatory RNA motifs that are involved in diverse cellular processes, and thereby increase understanding of RNA function.
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