Hydroxyl radical footprinting in vivo: mapping macromolecular structures with synchrotron radiation.
Hydroxyl radical footprinting in vivo: mapping macromolecular structures with synchrotron radiation.
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体内羟基自由基足迹：用同步辐射绘制大分子结构。
DOI：
10.1093/nar/gkl291
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发表时间：
2006-05-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Woodson, Sarah A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Adilakshmi, Tadepalli;Lease, Richard A.;Woodson, Sarah A.
我们使用高通量同步加速器X射线束原位绘制了活细菌中16S rRNA和RNaseP的结构图。300毫秒的X射线照射足以使磷酸二酯的主干发生最佳的切割。在冷冻细胞中，16S rRNA的体内足迹与体外获得的相似，与预测的RNA骨架对羟基自由基的可及性一致。某些核苷酸在体内的保护或增强切割可以通过与tRNA的相互作用和亚基界面的扰动来解释。因此，短时间暴露在同步加速器X射线束下，可以在活细胞中对具有核苷酸分辨率的RNA-蛋白质复合体的三级结构和蛋白质接触进行足迹。
We used a high flux synchrotron X-ray beam to map the structure of 16S rRNA and RNase P in viable bacteria in situ. A 300 ms exposure to the X-ray beam was sufficient for optimal cleavage of the phosphodiester backbone. The in vivo footprints of the 16S rRNA in frozen cells were similar to those obtained in vitro and were consistent with the predicted accessibility of the RNA backbone to hydroxyl radical. Protection or enhanced cleavage of certain nucleotides in vivo can be explained by interactions with tRNA and perturbation of the subunit interface. Thus, short exposures to a synchrotron X-ray beam can footprint the tertiary structure and protein contacts of RNA–protein complexes with nucleotide resolution in living cells.
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