PreBI: prediction of biological interfaces of proteins in crystals.
PreBI: prediction of biological interfaces of proteins in crystals.
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DOI：
10.1093/nar/gkl267
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nakamura H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsuchiya Y;Kinoshita K;Ito N;Nakamura H
PreBI是一个服务器，根据互补性和界面面积预测蛋白质晶体结构中的生物界面。服务器接受PDB格式的坐标文件，并且根据坐标文件中给出的对称操作自动生成所有可能的接口。对于所有产生的接口，静电势，疏水性和形状的接口的互补性进行了分析，并确定最可能的生物接口的互补程度的组合，从数据库分析和接口的面积。可以通过交互式查看器检查结果，并且可以以PDB格式下载最可能的复合物作为原子坐标。PreBI可在。
PreBI is a server that predicts biological interfaces in protein crystal structures, according to the complementarity and the area of the interface. The server accepts a coordinate file in the PDB format, and all of the possible interfaces are generated automatically, according to the symmetry operations given in the coordinate file. For all of the interfaces generated, the complementarities of the electrostatic potential, hydrophobicity and shape of the interfaces are analyzed, and the most probable biological interface is identified according to the combination of the degree of complementarity derived from the database analyses and the area of the interface. The results can be checked through an interactive viewer, and the most probable complex can be downloaded as atomic coordinates in the PDB format. PreBI is available at .
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