N-Linked Glycopeptide Identification Based on Open Mass Spectral Library Search.
N-Linked Glycopeptide Identification Based on Open Mass Spectral Library Search.
复制标题
基于开放质谱库搜索的 N-连接糖肽鉴定
DOI：
10.1155/2018/1564136
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发表时间：
2018
影响因子：
--
通讯作者：
Fu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
An Z;Shu Q;Lv H;Shu L;Wang J;Yang F;Fu Y
由于糖基化的微观异质性、聚糖的复杂性和肽骨架的不充分碎片化，完整糖肽的可靠表征是基于质谱的糖蛋白组学中的一项具有挑战性的任务。开放质谱库搜索是一种很有前途的多肽鉴定计算方法，但其在糖肽鉴定中的潜力尚未得到充分开发。在这里，我们提出了pMatchGlyco，一个新的光谱库搜索工具，完整的N-连接的糖肽鉴定使用高能碰撞解离（HCD）串联质谱（MS/MS）数据。在pMatchGlyco中，（1）使用脱糖肽的MS/MS光谱创建光谱库，（2）以开放（前体耐受）方式将糖肽的MS/MS光谱与库中的光谱匹配，并推断聚糖，以及（3）估计高于阈值的最高评分匹配的错误发现率。pMatchGlyco的效率和可靠性在六种标准糖蛋白的混合样品的数据集和从人癌细胞系OVCAR 3产生的复合糖蛋白数据集上得到证明。
Confident characterization of intact glycopeptides is a challenging task in mass spectrometry-based glycoproteomics due to microheterogeneity of glycosylation, complexity of glycans, and insufficient fragmentation of peptide bones. Open mass spectral library search is a promising computational approach to peptide identification, but its potential in the identification of glycopeptides has not been fully explored. Here we present pMatchGlyco, a new spectral library search tool for intact N-linked glycopeptide identification using high-energy collisional dissociation (HCD) tandem mass spectrometry (MS/MS) data. In pMatchGlyco, (1) MS/MS spectra of deglycopeptides are used to create spectral library, (2) MS/MS spectra of glycopeptides are matched to the spectra in library in an open (precursor tolerant) manner and the glycans are inferred, and (3) a false discovery rate is estimated for top-scored matches above a threshold. The efficiency and reliability of pMatchGlyco were demonstrated on a data set of mixture sample of six standard glycoproteins and a complex glycoprotein data set generated from human cancer cell line OVCAR3.
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