Characterization of intact N- and O-linked glycopeptides using higher energy collisional dissociation.
Characterization of intact N- and O-linked glycopeptides using higher energy collisional dissociation.
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DOI：
10.1016/j.ab.2014.01.003
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发表时间：
2014-05-01
影响因子：
2.9
通讯作者：
Wu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao L;Tolić N;Qu Y;Meng D;Zhao R;Zhang Q;Moore RJ;Zink EM;Lipton MS;Paša-Tolić L;Wu S
为了揭示蛋白质糖基化的生物学功能，需要同时阐明多糖结构和糖基化位点。在这项研究中，我们采用了一种称为高能碰撞解离（HCD）的最新类型的碎片来检查由标准糖基化蛋白混合物产生的完整糖肽的碎片模式。HCD的归一化碰撞能（NCE）值在30 ~ 60%之间变化，以评价肽骨架和糖缀合物的最佳断裂条件。我们的研究结果表明，具有较低NCE值的HCD优先使附着在肽上的糖链断裂，从而产生单糖中性损失的阶梯，从而使假定的聚糖结构表征成为可能。此外，氧离子的检测使糖肽与非糖肽的明确区分成为可能。相比之下，具有较高NCE值的HCD优先将肽骨架碎片化，从而提供了可靠的肽鉴定所需的信息。我们使用交替的NCE参数对HCD方法进行了评估，以确定在单一液相色谱-串联质谱（LC-MS /MS）分析中完整的N-和o -连接糖肽的特征。此外，我们还应用了一种新的数据分析管道，即所谓的糖苷查找器，为自动化数据分析奠定了基础。总的来说，38个独特的完整糖肽对应于8个糖基化位点（6个n -连接位点和2个o -连接位点），从标准蛋白质混合物中确定。这种方法提供了肽和聚糖的同时表征，从而能够在一次LC-MS /MS分析中对糖蛋白进行全面的结构表征。
Simultaneous elucidation of the glycan structure and the glycosylation site are needed to reveal the biological function of protein glycosylation. In this study, we employed a recent type of fragmentation termed higher energy collisional dissociation (HCD) to examine fragmentation patterns of intact glycopeptides generated from a mixture of standard glycosylated proteins. The normalized collisional energy (NCE) value for HCD was varied from 30 to 60% to evaluate the optimal conditions for the fragmentation of peptide backbones and glycoconjugates. Our results indicated that HCD with lower NCE values preferentially fragmented the sugar chains attached to the peptides to generate a ladder of neutral loss of monosaccharides, thereby enabling the putative glycan structure characterization. In addition, detection of the oxonium ions enabled unambiguous differentiation of glycopeptides from non-glycopeptides. In contrast, HCD with higher NCE values preferentially fragmented the peptide backbone and, thus, provided information needed for confident peptide identification. We evaluated the HCD approach with alternating NCE parameters for confident characterization of intact N- and O-linked glycopeptides in a single liquid chromatography–tandem mass spectrometry (LC–MS/MS) analysis. In addition, we applied a novel data analysis pipeline, so-called GlycoFinder, to form a basis for automated data analysis. Overall, 38 unique intact glycopeptides corresponding to eight glycosylation sites (six N-linked and two O-linked sites) were confidently identified from a standard protein mixture. This approach provided concurrent characterization of both the peptide and the glycan, thereby enabling comprehensive structural characterization of glycoproteins in a single LC–MS/MS analysis.
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DOI：
10.1016/s0021-9673(00)96972-3
发表时间：
1990-01-19
期刊：
JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
ALPERT, AJ
通讯作者：
ALPERT, AJ
影响因子：
7.4
作者：
Mysling, Simon;Palmisano, Giuseppe;Thaysen-Andersen, Morten
通讯作者：
Thaysen-Andersen, Morten
DOI：
10.1016/j.jasms.2005.10.008
发表时间：
2006-02-01
影响因子：
3.2
作者：
Peterman, SM;Mulholland, JJ
通讯作者：
Mulholland, JJ
影响因子：
7.4
作者：
Shen, Yufeng;Tolic, Nikola;Hixson, Kim K.;Purvine, Samuel O.;Anderson, Gordon A.;Smith, Richard D.
通讯作者：
Smith, Richard D.
影响因子：
7.4
作者：
Woodin, Carrie L.;Hua, David;Maxon, Morgan;Rebecchi, Kathryn R.;Go, Eden P.;Desaire, Heather
通讯作者：
Desaire, Heather