Diverse pathways generate microRNA-like RNAs and Dicer-independent small interfering RNAs in fungi.
Diverse pathways generate microRNA-like RNAs and Dicer-independent small interfering RNAs in fungi.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2010.04.005
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发表时间：
2010-06-25
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Liu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee HC;Li L;Gu W;Xue Z;Crosthwaite SK;Pertsemlidis A;Lewis ZA;Freitag M;Selker EU;Mello CC;Liu Y
多种小RNA，包括Dicer依赖性miRNA和Dicer非依赖性Piwi相互作用RNA，与Argonaute家族蛋白结合以调节多种细胞过程中的基因表达。这两种小RNA在真菌中尚未发现。在这里，通过分析与链孢菌Argonaute蛋白质QDE-2相关的小RNA，我们表明，在这种丝状真菌中，不同的途径产生miRNA样小RNA（milRNA）和Dicer独立的小干扰RNA（disiRNA）。令人惊讶的是，milRNA是通过至少四种不同的机制产生的，这些机制使用不同的因子组合，包括Dicers、QDE-2、核酸外切酶QIP和含有RNA酶III结构域的蛋白MRPL 3。相反，disiRNA源自产生重叠的有义和反义转录物的基因座，并且不需要已知的RNAi组分来产生它们。总之，这些结果揭示了丝状真菌中小RNA产生的几种途径，揭示了真核小RNA的多样性和进化起源。
A variety of small RNAs, including the Dicer-dependent miRNAs and the Dicer-independent Piwi-interacting RNAs, associate with Argonaute family proteins to regulate gene expression in diverse cellular processes. These two species of small RNA have not been found in fungi. Here, by analyzing small RNA associated with the Neurospora Argonaute protein QDE-2, we show that diverse pathways generate miRNA-like small RNAs (milRNAs) and Dicer-independent small interfering RNAs (disiRNAs) in this filamentous fungus. Surprisingly, milRNAs are produced by at least four different mechanisms that use a distinct combination of factors, including Dicers, QDE-2, the exonuclease QIP and an RNAse III domain-containing protein MRPL3. In contrast, disiRNAs originate from loci producing overlapping sense and antisense transcripts, and do not require the known RNAi components for their production. Taken together, these results uncover several pathways for small RNA production in filamentous fungi, shedding light on the diversity and evolutionary origins of eukaryotic small RNAs.
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