Gramene 2013: comparative plant genomics resources.
Gramene 2013: comparative plant genomics resources.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1110
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ware D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Monaco MK;Stein J;Naithani S;Wei S;Dharmawardhana P;Kumari S;Amarasinghe V;Youens-Clark K;Thomason J;Preece J;Pasternak S;Olson A;Jiao Y;Lu Z;Bolser D;Kerhornou A;Staines D;Walts B;Wu G;D'Eustachio P;Haw R;Croft D;Kersey PJ;Stein L;Jaiswal P;Ware D
Gramene(http://www.gramene.org)是一个精选的作物和模式植物物种比较功能基因组学在线资源，目前拥有27个完全测序的参考基因组和10个部分测序的参考基因组，构建编号为38。它的优势来自于基因组比较的系统发育框架的应用，以及本体论的使用来整合结构和功能注释数据。全基因组比对与系统发育基因家系树互补，有助于推断同线和同源关系。包括拟南芥、水稻和玉米在内的10个物种的遗传变异数据、序列和基因组图谱有助于推断基因和转录本可能存在的变异效应。路径部分还包含10个物种特定的代谢路径数据库，这些数据库是由我们的合作者使用路径工具软件自行开发的，该软件便于搜索路径、反应和代谢物注释，并允许分析用户定义的表达数据集。最近，我们发布了一个植物反应组门户网站，其中包括133个经过策划的水稻途径。这一门户将扩大到拟南芥、玉米和其他植物物种。我们继续提供由作物研究人员开发的遗传和QTL图谱和标记数据集。该项目提供了一个独特的社区平台，以支持植物基因组学的科学研究，包括进化、遗传学、植物育种、分子生物学、生物化学和系统生物学的研究。
Gramene (http://www.gramene.org) is a curated online resource for comparative functional genomics in crops and model plant species, currently hosting 27 fully and 10 partially sequenced reference genomes in its build number 38. Its strength derives from the application of a phylogenetic framework for genome comparison and the use of ontologies to integrate structural and functional annotation data. Whole-genome alignments complemented by phylogenetic gene family trees help infer syntenic and orthologous relationships. Genetic variation data, sequences and genome mappings available for 10 species, including Arabidopsis, rice and maize, help infer putative variant effects on genes and transcripts. The pathways section also hosts 10 species-specific metabolic pathways databases developed in-house or by our collaborators using Pathway Tools software, which facilitates searches for pathway, reaction and metabolite annotations, and allows analyses of user-defined expression datasets. Recently, we released a Plant Reactome portal featuring 133 curated rice pathways. This portal will be expanded for Arabidopsis, maize and other plant species. We continue to provide genetic and QTL maps and marker datasets developed by crop researchers. The project provides a unique community platform to support scientific research in plant genomics including studies in evolution, genetics, plant breeding, molecular biology, biochemistry and systems biology.
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影响因子：
64.8
作者：
Gan X;Stegle O;Behr J;Steffen JG;Drewe P;Hildebrand KL;Lyngsoe R;Schultheiss SJ;Osborne EJ;Sreedharan VT;Kahles A;Bohnert R;Jean G;Derwent P;Kersey P;Belfield EJ;Harberd NP;Kemen E;Toomajian C;Kover PX;Clark RM;Rätsch G;Mott R
通讯作者：
Mott R
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
DOI：
10.1093/database/bay119
发表时间：
2018-11-06
影响因子：
5.8
作者：
Hunt, Sarah E.;McLaren, William;Cunningham, Fiona
通讯作者：
Cunningham, Fiona
影响因子：
30.8
作者：
Chia, Jer-Ming;Song, Chi;Ware, Doreen
通讯作者：
Ware, Doreen
DOI：
10.1007/978-1-62703-450-0_14
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Croft, David
通讯作者：
Croft, David