InnateDB: systems biology of innate immunity and beyond--recent updates and continuing curation.
InnateDB: systems biology of innate immunity and beyond--recent updates and continuing curation.
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DOI：
10.1093/nar/gks1147
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lynn DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Breuer K;Foroushani AK;Laird MR;Chen C;Sribnaia A;Lo R;Winsor GL;Hancock RE;Brinkman FS;Lynn DJ
InnateDB（www.innatedb.com）是一个集成的分析平台，专门设计用于促进哺乳动物先天免疫网络、途径和基因的系统级分析。在本文中，我们将详细介绍该数据库的最新更新和改进。InnateDB现在包含超过196 000个人类、小鼠和牛实验验证的分子相互作用以及3000个与所有哺乳动物细胞系统相关的途径注释（即不仅仅是免疫相关途径和相互作用）。此外，到目前为止，InnateDB团队已经手动策划了超过18，000种与先天免疫相关的分子相互作用，为先天免疫网络，途径及其组成分子提供了前所未有的见解。最近，InnateDB还发起了过敏和哮喘相关相互作用的管理。此外，我们报告了一系列的改进，我们的综合生物信息学解决方案，包括Web服务访问使用蛋白质组学标准倡议共同查询接口，增强先天免疫的基因本体分析，和新的网络可视化工具的可用性的InnateDB交互数据。最后，最近对牛数据的整合使InnateDB成为这种农业重要模式生物的第一个集成网络分析平台。
InnateDB (http://www.innatedb.com) is an integrated analysis platform that has been specifically designed to facilitate systems-level analyses of mammalian innate immunity networks, pathways and genes. In this article, we provide details of recent updates and improvements to the database. InnateDB now contains >196 000 human, mouse and bovine experimentally validated molecular interactions and 3000 pathway annotations of relevance to all mammalian cellular systems (i.e. not just immune relevant pathways and interactions). In addition, the InnateDB team has, to date, manually curated in excess of 18 000 molecular interactions of relevance to innate immunity, providing unprecedented insight into innate immunity networks, pathways and their component molecules. More recently, InnateDB has also initiated the curation of allergy- and asthma-related interactions. Furthermore, we report a range of improvements to our integrated bioinformatics solutions including web service access to InnateDB interaction data using Proteomics Standards Initiative Common Query Interface, enhanced Gene Ontology analysis for innate immunity, and the availability of new network visualizations tools. Finally, the recent integration of bovine data makes InnateDB the first integrated network analysis platform for this agriculturally important model organism.
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影响因子：
--
作者：
Lynn DJ;Chan C;Naseer M;Yau M;Lo R;Sribnaia A;Ring G;Que J;Wee K;Winsor GL;Laird MR;Breuer K;Foroushani AK;Brinkman FS;Hancock RE
通讯作者：
Hancock RE
影响因子：
4.3
作者：
Royer L;Reimann M;Andreopoulos B;Schroeder M
通讯作者：
Schroeder M
人类基因表达的组织特异性的综合功能分析。
影响因子：
5.4
作者：
Dezso Z;Nikolsky Y;Sviridov E;Shi W;Serebriyskaya T;Dosymbekov D;Bugrim A;Rakhmatulin E;Brennan RJ;Guryanov A;Li K;Blake J;Samaha RR;Nikolskaya T
通讯作者：
Nikolskaya T
影响因子：
14.8
作者：
Theocharidis, Athanasios;van Dongen, Stjin;Freeman, Tom C.
通讯作者：
Freeman, Tom C.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq675
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smoot ME;Ono K;Ruscheinski J;Wang PL;Ideker T
通讯作者：
Ideker T