Detection of SARS-CoV-2 RNA Using a DNA Aptamer Mimic of Green Fluorescent Protein.
Detection of SARS-CoV-2 RNA Using a DNA Aptamer Mimic of Green Fluorescent Protein.
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DOI：
10.1021/acschembio.1c00893
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发表时间：
2022-04-15
影响因子：
4
通讯作者：
Jaffrey, Samie R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
VarnBuhler, Bria S.;Moon, Jared;Dey, Sourav Kumar;Wu, Jiahui;Jaffrey, Samie R.
RNA 检测在多种诊断和分析应用中非常重要。 RNA 可以使用分子信标快速检测，分子信标在与目标 RNA 杂交时发出荧光，但需要具有复杂荧光染料和猝灭剂结合的寡核苷酸。在这里，我们描述了一种使用简单的未修饰 DNA 寡核苷酸快速荧光检测目标 RNA 的简化方法。为了检测 RNA，我们开发了 Lettuce，这是一种荧光 DNA 适体，可结合并激活 DFHBI-1T 的荧光，DFHBI-1T 是一种非荧光分子，类似于绿色荧光蛋白 (GFP) 中的发色团。根据与 DFHBI-琼脂糖的结合，从随机 DNA 文库中选择生菜。我们进一步表明，生菜可以分裂成两个独立的寡核苷酸成分，它们本身是非荧光的，但当它们的接近被靶RNA诱导时就会发出荧光。我们设计了几对分裂的生菜片段，其中包含额外的 15-20 个核苷酸，这些核苷酸与 SARS-CoV-2 RNA 的相邻区域互补，从而仅在存在病毒 RNA 的情况下才会产生生菜荧光。总的来说，这些研究描述了一种简化的 RNA 检测方法，使用完全未修饰的 DNA 寡核苷酸来重建以 RNA 为模板的生菜适体。
RNA detection is important in diverse diagnostic and analytical applications. RNAs can be rapidly detected using molecular beacons, which fluoresce upon hybridizing to a target RNA but require oligonucleotides with complex fluorescent dye and quencher conjugations. Here we describe a simplified method for rapid fluorescence detection of a target RNA using simple unmodified DNA oligonucleotides. To detect RNA, we developed Lettuce, a fluorogenic DNA aptamer that binds and activates the fluorescence of DFHBI-1T, an otherwise nonfluorescent molecule that resembles the chromophore found in green fluorescent protein (GFP). Lettuce was selected from a randomized DNA library based on binding to DFHBI-agarose. We further show that Lettuce can be split into two separate oligonucleotide components, which are nonfluorescent on their own but become fluorescent when their proximity is induced by a target RNA. We designed several pairs of split Lettuce fragments that contain an additional 15–20 nucleotides that are complementary to adjacent regions of the SARS-CoV-2 RNA, resulting in Lettuce fluorescence only in the presence of the viral RNA. Overall, these studies describe a simplified RNA detection approach using fully unmodified DNA oligonucleotides that reconstitute the Lettuce aptamer templated by RNA.
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影响因子：
14.9
作者：
Renaud de la Faverie A;Guédin A;Bedrat A;Yatsunyk LA;Mergny JL
通讯作者：
Mergny JL
DOI：
10.1126/science.1207339
发表时间：
2011-07-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Paige JS;Wu KY;Jaffrey SR
通讯作者：
Jaffrey SR
DOI：
10.1126/science.1218298
发表时间：
2012-03-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Paige JS;Nguyen-Duc T;Song W;Jaffrey SR
通讯作者：
Jaffrey SR
DOI：
10.1002/cbic.201600323
发表时间：
2016-09-02
期刊：
Chembiochem : a European journal of chemical biology
影响因子：
--
作者：
Kikuchi N;Kolpashchikov DM
通讯作者：
Kolpashchikov DM
影响因子：
13.6
作者：
Dvorkin SA;Karsisiotis AI;Webba da Silva M
通讯作者：
Webba da Silva M