Cloning and profiling of small RNAs from cucumber mosaic virus satellite RNA.
Cloning and profiling of small RNAs from cucumber mosaic virus satellite RNA.
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黄瓜花叶病毒卫星 RNA 中小 RNA 的克隆和分析。
DOI：
10.1007/978-1-4939-1743-3_9
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wang, Ming-Bo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fang, Yuan-Yuan;Smith, Neil A;Zhao, Jian-Hua;Lee, Joanne R M;Guo, Hui-Shan;Wang, Ming-Bo
RNA沉默不仅是一种在真核生物中广泛存在的基因调控机制，而且是植物对外源核酸（包括病毒）的适应性免疫反应。RNA沉默的一个主要特征是由Dicer样（DCL）蛋白从双链（ds）或发夹样（hp）RNA产生长度为21-24个核苷酸（nt）的小RNA（sRNA）。这些sRNA通过RNA沉默复合物引导同源单链（ss）RNA的结合和切割。与所有植物病毒和亚病毒因子一样，病毒卫星RNA（satRNA）的复制与来源于satRNA基因组整个区域的21-24 nt病毒小干扰RNA（vsiRNA）在正链和负链极性中的积累相关。这些卫星RNA衍生的siRNA（satsiRNA）最近被证明在宿主植物、辅助病毒和卫星RNA之间的三边相互作用中发挥重要作用。本研究从黄瓜花叶病毒（CMV）的satRNA中克隆了satsiRNA并进行了序列分析。我们还描述了一种方法，以尽量减少链的偏见，经常发生在vsiRNA克隆和测序。
RNA silencing is not only a gene regulation mechanism that is conserved in a broad range of eukaryotes but also an adaptive immune response against foreign nucleic acids including viruses in plants. A major feature of RNA silencing is the production of small RNA (sRNA) of 21-24 nucleotides (nt) in length from double-stranded (ds) or hairpin-like (hp) RNA by Dicer-like (DCL) proteins. These sRNAs guide the binding and cleavage of cognate single-stranded (ss) RNA by an RNA silencing complex. Like all plant viruses and subviral agents, replication of viral satellite RNAs (satRNAs) is associated with the accumulation of 21-24 nt viral small interfering RNA (vsiRNA) derived from the whole region of a satRNA genome in both plus and minus-strand polarities. These satRNA-derived siRNAs (satsiRNAs) have recently been shown to play an important role in the trilateral interactions among host plants, helper viruses and satRNAs. Here, we describe the cloning and profile analysis of satsiRNAs from satRNAs of Cucumber mosaic virus (CMV). We also describe a method to minimize the strand bias that often occurs during vsiRNA cloning and sequencing.
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