FASTR3D: a fast and accurate search tool for similar RNA 3D structures.
FASTR3D: a fast and accurate search tool for similar RNA 3D structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkp330
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lu CL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lai CE;Tsai MY;Liu YC;Wang CW;Chen KT;Lu CL
FASTR3D是一个基于网络的搜索工具，允许用户快速准确地搜索PDB数据库中结构相似的RNA。目前，它允许用户输入三种类型的查询：（i）RNA三级结构的PDB代码（默认），可选地具有指定的残基范围，（ii）RNA二级结构，可选地具有一级序列，以点括号表示法和（iii）FASTA格式的RNA一级序列。此外，用户可以运行FASTR 3D，并指定其他过滤选项：（i）PDB数据库中RNA结构的发布日期，以及（ii）用于确定RNA结构及其最低分辨率的实验方法。在输出页面中，FASTR3D将显示用户查询的RNA分子，以及用户指定的选项，然后是已识别的结构相似RNA的详细列表。特别地，当用RNA三级结构查询时，FASTR 3D提供图形显示以显示查询结构和每个鉴定结构的结构叠加。FASTR3D现在可以在http://bioalgorithm.life.nctu.edu.tw/FASTR3D/上在线获得。
FASTR3D is a web-based search tool that allows the user to fast and accurately search the PDB database for structurally similar RNAs. Currently, it allows the user to input three types of queries: (i) a PDB code of an RNA tertiary structure (default), optionally with specified residue range, (ii) an RNA secondary structure, optionally with primary sequence, in the dot-bracket notation and (iii) an RNA primary sequence in the FASTA format. In addition, the user can run FASTR3D with specifying additional filtering options: (i) the released date of RNA structures in the PDB database, and (ii) the experimental methods used to determine RNA structures and their least resolutions. In the output page, FASTR3D will show the user-queried RNA molecule, as well as user-specified options, followed by a detailed list of identified structurally similar RNAs. Particularly, when queried with RNA tertiary structures, FASTR3D provides a graphical display to show the structural superposition of the query structure and each of identified structures. FASTR3D is now available online at http://bioalgorithm.life.nctu.edu.tw/FASTR3D/.
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影响因子：
14.9
作者：
Kin T;Yamada K;Terai G;Okida H;Yoshinari Y;Ono Y;Kojima A;Kimura Y;Komori T;Asai K
通讯作者：
Asai K
影响因子：
5.8
作者：
Dror, O;Nussinov, R;Wolfson, H
通讯作者：
Wolfson, H
影响因子：
14.9
作者：
Yang, HW;Jossinet, F;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
DOI：
10.1073/pnas.0404383101
发表时间：
2004-08-17
影响因子：
11.1
作者：
Kolodny, R;Linial, N
通讯作者：
Linial, N
Mirbase：MicroRNA基因组学的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, Sam;Saini, Harpreet Kaur;van Dongen, Stijn;Enright, Anton J.
通讯作者：
Enright, Anton J.