The kinetic landscape of an RNA-binding protein in cells.
The kinetic landscape of an RNA-binding protein in cells.
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DOI：
10.1038/s41586-021-03222-x
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Jankowsky E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sharma D;Zagore LL;Brister MM;Ye X;Crespo-Hernández CE;Licatalosi DD;Jankowsky E
高等真核细胞中的基因表达协调数千个 RNA 结合蛋白 (RBP) 和数万个 RNA 之间的相互作用。 RBP 与其 RNA 位点结合和解离的动力学对于细胞 RNA-蛋白质相互作用的协调至关重要。然而，这些动力学参数在细胞中无法通过实验获得。在这里，我们展示了使用脉冲飞秒紫外激光进行时间分辨 RNA-蛋白质交联，然后进行免疫沉淀和高通量测序，可以确定细胞中数千个单独 RNA 结合位点的 RBP Dazl 的结合和解离动力学。这种动力学交联和免疫沉淀 (KIN-CLIP) 方法表明，Dazl 仅在数秒或更短的时间内停留在各个结合位点，而这些位点保持不含 Dazl 的时间明显更长。数据进一步表明 Dazl 与多个邻近位点簇中的许多 RNA 结合。 Dazl 对 mRNA 水平和核糖体关联的影响与这些簇中 Dazl 结合的累积概率相关。将动力学数据与 mRNA 特征相结合，定量地将 Dazl-RNA 结合与 Dazl 功能联系起来。我们的结果展示了如何测量细胞中 RNA-蛋白质相互作用的动力学参数，以及这些数据如何定量地将 RBP-RNA 结合与细胞 RBP 功能联系起来。
Gene expression in higher eukaryotic cells orchestrates interactions between thousands of RNA binding proteins (RBPs) and tens of thousands of RNAs . The kinetics by which RBPs bind to and dissociate from their RNA sites are critical for the coordination of cellular RNA-protein interactions . However, these kinetic parameters were experimentally inaccessible in cells. Here we show that time-resolved RNA-protein crosslinking with a pulsed femtosecond UV laser, followed by immunoprecipitation and high throughput sequencing allows the determination of binding and dissociation kinetics of the RBP Dazl for thousands of individual RNA binding sites in cells. This kinetic crosslinking and immunoprecipitation (KIN-CLIP) approach reveals that Dazl resides at individual binding sites only seconds or shorter, while the sites remain Dazl-free markedly longer. The data further indicate that Dazl binds to many RNAs in clusters of multiple proximal sites. The impact of Dazl on mRNA levels and ribosome association correlates with the cumulative probability of Dazl binding in these clusters. Integrating kinetic data with mRNA features quantitatively connects Dazl-RNA binding to Dazl function. Our results show how kinetic parameters for RNA-protein interactions in cells can be measured and how these data quantitatively link RBP-RNA binding to cellular RBP function.
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影响因子：
4.8
作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
通讯作者：
Ule, Jernej
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
14.8
作者：
Chen Y;Yang F;Zubovic L;Pavelitz T;Yang W;Godin K;Walker M;Zheng S;Macchi P;Varani G
通讯作者：
Varani G
影响因子：
16
作者：
Jarmoskaite, Inga;Denny, Sarah K.;Herschlag, Daniel
通讯作者：
Herschlag, Daniel
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1986.tb09837.x
发表时间：
1986-08-15
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
BUDOWSKY, EI;AXENTYEVA, MS;RUBIN, LB
通讯作者：
RUBIN, LB