iCLIP: protein-RNA interactions at nucleotide resolution.
iCLIP: protein-RNA interactions at nucleotide resolution.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2013.10.011
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发表时间：
2014-02
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Ule, Jernej
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
关键词：
RNA结合蛋白（RBPs）是基因表达转录后调控的关键参与者。因此，对其结合位点的精确了解对于揭示其分子功能以及理解它们在发育和疾病中的作用至关重要。单核苷酸分辨率紫外交联免疫沉淀（iCLIP）可在全基因组范围内鉴定蛋白质 - RNA交联位点。该方法的高分辨率和特异性是通过一个分子内cDNA环化步骤实现的，这个步骤能够分析在蛋白质 - RNA交联位点处截断的cDNA。在此，我们描述了改良的iCLIP实验方案，并讨论了将该方法应用于新的RNA结合蛋白时所需的关键优化和对照实验。
RNA-binding proteins (RBPs) are key players in the post-transcriptional regulation of gene expression. Precise knowledge about their binding sites is therefore critical to unravel their molecular function and to understand their role in development and disease. Individual-nucleotide resolution UV crosslinking and immunoprecipitation (iCLIP) identifies protein–RNA crosslink sites on a genome-wide scale. The high resolution and specificity of this method are achieved by an intramolecular cDNA circularization step that enables analysis of cDNAs that truncated at the protein–RNA crosslink sites. Here, we describe the improved iCLIP protocol and discuss critical optimization and control experiments that are required when applying the method to new RBPs.
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影响因子：
8.8
作者：
Hussain S;Sajini AA;Blanco S;Dietmann S;Lombard P;Sugimoto Y;Paramor M;Gleeson JG;Odom DT;Ule J;Frye M
通讯作者：
Frye M
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
4.8
作者：
Ule, J;Jensen, K;Darnell, RB
通讯作者：
Darnell, RB
影响因子：
3.7
作者：
Schor IE;Llères D;Risso GJ;Pawellek A;Ule J;Lamond AI;Kornblihtt AR
通讯作者：
Kornblihtt AR
影响因子：
25
作者：
Tollervey, James R.;Curk, Tomaz;Rogelj, Boris;Briese, Michael;Cereda, Matteo;Kayikci, Melis;Koenig, Julian;Hortobagyi, Tibor;Nishimura, Agnes L.;Zupunski, Vera;Patani, Rickie;Chandran, Siddharthan;Rot, Gregor;Zupan, Blaz;Shaw, Christopher E.;Ule, Jernej
通讯作者：
Ule, Jernej