VisANT 4.0: Integrative network platform to connect genes, drugs, diseases and therapies.
VisANT 4.0: Integrative network platform to connect genes, drugs, diseases and therapies.
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DOI：
10.1093/nar/gkt401
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Delisi C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu Z;Chang YC;Wang Y;Huang CL;Liu Y;Tian F;Granger B;Delisi C
随着人们对疾病、疾病相关基因和药物靶点等知识的快速积累，基于网络的分析在系统生物学、系统药理学和转化科学中发挥着越来越重要的作用。VisANT的新版本旨在提供新功能，以促进疾病，治疗，基因和药物的便捷网络分析。随着通过网络分析对复杂疾病和药物作用机制的理解的提高，新的药物方法（例如，药物重新定位、多靶点药物和联合治疗）。更具体地说，新的更新包括（i）疾病和药物层次的集成搜索和导航;（ii）集成疾病-基因、治疗-药物和药物-靶点关联，以帮助网络构建和过滤;（iii）使用疾病/治疗信息注释基因/药物;（iv）使用富集分析预测给定基因/药物组的相关疾病/治疗;（iv）使用基因/药物组的相关疾病/治疗。（v）网络转换，以支持构建药物、基因、疾病和疗法的通用网络;（vi）使用对接窗口的增强用户界面，以允许容易地定制节点和边缘属性，其中内置图例节点以区分不同的节点类型。VisANT可在http://visant.bu.edu免费获取。
With the rapid accumulation of our knowledge on diseases, disease-related genes and drug targets, network-based analysis plays an increasingly important role in systems biology, systems pharmacology and translational science. The new release of VisANT aims to provide new functions to facilitate the convenient network analysis of diseases, therapies, genes and drugs. With improved understanding of the mechanisms of complex diseases and drug actions through network analysis, novel drug methods (e.g., drug repositioning, multi-target drug and combination therapy) can be designed. More specifically, the new update includes (i) integrated search and navigation of disease and drug hierarchies; (ii) integrated disease–gene, therapy–drug and drug–target association to aid the network construction and filtering; (iii) annotation of genes/drugs using disease/therapy information; (iv) prediction of associated diseases/therapies for a given set of genes/drugs using enrichment analysis; (v) network transformation to support construction of versatile network of drugs, genes, diseases and therapies; (vi) enhanced user interface using docking windows to allow easy customization of node and edge properties with build-in legend node to distinguish different node type. VisANT is freely available at: http://visant.bu.edu.
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