Glucocorticoid receptor binds half sites as a monomer and regulates specific target genes.
Glucocorticoid receptor binds half sites as a monomer and regulates specific target genes.
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DOI：
10.1186/s13059-014-0418-y
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发表时间：
2014-07-31
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yamamoto KR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schiller BJ;Chodankar R;Watson LC;Stallcup MR;Yamamoto KR
糖皮质激素受体 (GR) 是一种激素激活、DNA 结合转录调节因子，可控制炎症、新陈代谢、应激反应和其他生理过程。在体外，GR 作为反向二聚体与由两个不完全回文的 6 bp 半位点组成的基序结合，并由 3 bp 间隔区隔开。在体内，GR利用GR功能表面的不同模式来调节不同的靶基因。 GR 基因组结合和功能表面利用之间的关系尚未确定。我们发现 A477T 是一种破坏二聚化界面的 GR 突变体，在靶基因的结合和调节方面与野生型 GRα 不同。被 A477T 强烈占据的基因组区域富含新的半位点基序。在体外，GRα 作为单体结合半位点。通过 GRα 和 A477T 结合区域之间的重叠，我们识别出仅包含一半位点的 GRα 结合区域。我们进一步鉴定了与半位点而不是完整基序连接的 GR 靶基因。 GR 结合的基因组区域在底层 DNA 序列基序和用于调节的 GR 功能表面方面有所不同。选择性利用特定 GR 表面的 GR 结合区域的识别可以区分有利于这些表面的子基序，包括半位点基序。这种方法可能有助于 GR 活动和治疗的预测模型。本文的在线版本 (doi:10.1186/s13059-014-0418-y) 包含补充材料，可供授权用户使用。
Glucocorticoid receptor (GR) is a hormone-activated, DNA-binding transcriptional regulatory factor that controls inflammation, metabolism, stress responses, and other physiological processes. In vitro, GR binds as an inverted dimer to a motif consisting of two imperfectly palindromic 6 bp half sites separated by 3 bp spacers. In vivo, GR employs different patterns of functional surfaces of GR to regulate different target genes. The relationships between GR genomic binding and functional surface utilization have not been defined. We find that A477T, a GR mutant that disrupts the dimerization interface, differs from wild-type GRα in binding and regulation of target genes. Genomic regions strongly occupied by A477T are enriched for a novel half site motif. In vitro, GRα binds half sites as a monomer. Through the overlap between GRα- and A477T-bound regions, we identify GRα-bound regions containing only half sites. We further identify GR target genes linked with half sites and not with the full motif. Genomic regions bound by GR differ in underlying DNA sequence motifs and in the GR functional surfaces employed for regulation. Identification of GR binding regions that selectively utilize particular GR surfaces may discriminate sub-motifs, including the half site motif, that favor those surfaces. This approach may contribute to predictive models for GR activity and therapy. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0418-y) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y