Precursor acquisition independent from ion count: how to dive deeper into the proteomics ocean.
Precursor acquisition independent from ion count: how to dive deeper into the proteomics ocean.
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DOI：
10.1021/ac900888s
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发表时间：
2009-08-01
影响因子：
7.4
通讯作者：
Goodlett, David R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Panchaud, Alexandre;Scherl, Alexander;Shaffer, Scott A.;von Haller, Priska D.;Kulasekara, Hemantha D.;Miller, Samuel I.;Goodlett, David R.
数据依赖性前体离子选择广泛用于鸟枪法蛋白质组学，以分析复杂样品的蛋白质组分。虽然非常流行，但这种自底向上的方法在可检测的动态范围方面存在主要缺点。在这里，我们证明了上级性能的数据无关的方法，我们称之为前体采集独立于离子计数（PACIFIC）。我们的研究结果表明，几乎整个，预测，可溶性细菌蛋白质组可以彻底分析PACIFIC，而不需要任何样品分馏以外的基于C18的液相色谱用于引入肽混合物到质谱仪。重要的是，我们还表明，PACIFIC在鉴定的蛋白质数量（FDR ≤ 0.5%时为746）和实现的动态范围（FDR ≤ 0.5%时为8个数量级）方面为人血浆分析提供了独特的性能，除了7种最丰富的蛋白质的免疫耗竭外，没有任何分馏。
Data-dependent precursor ion selection is widely used in shotgun proteomics to profile the protein components of complex samples. Although very popular, this bottom-up method presents major drawbacks in terms of detectable dynamic range. Here, we demonstrate the superior performance of a data-independent method we term Precursor Acquisition Independent From Ion Count (PAcIFIC). Our results show that almost the entire, predicted, soluble bacterial proteome can be thoroughly analyzed by PAcIFIC without the need for any sample fractionation other than the C18-based liquid-chromatograph used to introduce the peptide mixture into the mass spectrometer. Importantly, we also show that PAcIFIC provides unique performance for analysis of human plasma in terms of number of proteins identified (746 at FDR ≤ 0.5%) and achieved dynamic range (eight orders of magnitude at FDR ≤ 0.5%), without any fractionation other than immuno-depletion of the seven most abundant proteins.
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影响因子：
12.3
作者：
Zhang, Qing;Menon, Rajasree;Hanash, Samir M.
通讯作者：
Hanash, Samir M.
影响因子：
7.4
作者：
Scherl, Alexander;Shaffer, Scott A.;Goodlett, David R.
通讯作者：
Goodlett, David R.
DOI：
10.1073/pnas.93.25.14440
发表时间：
1996-12-10
影响因子：
11.1
作者：
Shevchenko, A;Jensen, ON;Mann, M
通讯作者：
Mann, M
DOI：
10.1016/j.jasms.2008.02.005
发表时间：
2008-06-01
影响因子：
3.2
作者：
Scherl, Alexander;Shaffer, Scott A.;Goodlett, David R.
通讯作者：
Goodlett, David R.
影响因子：
4.4
作者：
Faca, Vitor;Pitteri, Sharon J.;Hanash, Samir
通讯作者：
Hanash, Samir